第三，有权提出排除非法证据请求的主体提出申请之后，就涉及举证责任问题。举证责任一般应由侦查机关承担。原因在于：其一，这是证据合法性的内在属性之必然要求；其二，这是现代法治原则对国家机关的基本要求，也是程序公正理念的基本要求；其三，这更是由侦查机关在侦查行为秘密性决定的。
　　侦查机关必须针对申请人的申请进行举证，否则，对申请审查之证据按非法证据予以排除。侦查机关的举证将会有两种结果：其一，检察机关通过双方的辩论、质证并经过调查和评价，如果对于侦查机关所举证据予以采信，认为证据合法有效，而申请人不服的，申请人可以在审判阶段继续提出，由法官予以裁决，但此时的举证责任将转到公诉机关，由公诉机关承担；其二，如果检察机关不予采信，认为侦查人员确已存在违法行为，进而宣告证据无效[7]，侦查机关有权提请复议一次，对复议决定仍不服的，可以要求将该“非法证据”提交法院裁决。
　　这样设计，有别于陪审团模式下的“二元式”程序结构，这是通过具有司法权力的检察监督权审查之后，对于仍有争议的部分由法院进行辅助裁决。在审查起诉阶段将举证责任分配给侦查机关，一是为了使证据更加明晰；二是有利于检察机关对证据更好地把持。如果检察机关偏重于侦查机关，那么它将面临在审判阶段对同一争议承担举证责任和“败诉”的风险并要承担相关责任。从另一个角度看，也是为了检察机关能够更正确更充分地追诉犯罪，国家赋予检察机关检察起诉权是为了使真正的犯罪分子得到相应的惩罚，而不是对凡侦查机关提请起诉的案件都一味地追求胜诉。即，确立检察机关的非法证据排除主体之地位，是为了使检察机关正确运用国家赋予的检察权，真正发挥检察监督之角色。
　　四、确立检察机关主要主体地位的意义
　　笔者认为确立检察机关在证据排除规则运用中的主要主体地位，其意义主要在于克服职权主义诉讼模式下“一元式”裁判结构非法证据排除规则运用困境。
　　从比较法的角度来看，非法证据排除规则的运用能得到较好效果的，必须具备的一个条件是必须存在彼此相分离的两个程序和两个裁判者：即证据能力问题的决定和运用证据认定案件事实必须由两个不同的裁判者先后分别进行，这样才能从根本上保证应予排除的证据不被事实裁判者得知。[8]也就是有两个独立的裁判程序：一是实体性裁判；二是程序性裁判。“实体性裁判的任务是运用具有可采性的证据对案件事实做出裁判；程序性裁判的任务则是将那些不具有可采性的证据排除于事实裁判者的视野之外。”同时“实体性裁判和程序性裁判在诉讼阶段上应当是分离的，在裁判主体上也应当是分立的。”[9]因此，此精密程序的保障是非法证据排除规则得以良好实行的前提条件。但从中国的状况来看，正如汪建成教授所指出的：我国现行法中，不存在这种“二元式”裁判结构，既没有程序性裁判，定罪裁判和量刑裁判又是合二为一的。用“一元式”来形容我国的裁判结构是再恰当不过了，在这种“一元式”裁判结构中，包括非法证据排除规则在内的所有证据能力规则都很难有效地运行。[10]

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