对于统一后制定的法律，基本法必须规定合理有效的审查机制。这是通过法治妥善处理两岸关系的关键所在。港澳基本法目前所规定的解决机制或许值得借鉴，但在实践中已暴露出一些不足之处。现在，全国人大常委会主动释法的做法已经不受太多争议，但是这种做法并没有明确的基本法依据。在设计台湾地区基本法的过程中，必须慎重考虑中央释法的启动程序。尤其是在行政首长由台湾地区直选的情况下，必须充分考虑到台湾方面不能及时纠正违宪的法律、规定、判决或其它官方行为的可能性，因而需要设计适当的程序允许中央主动介入。与此同时，必须明确界定中央权限，防止中央过多干预。作为规则，合
宪法审查的管辖权一般属于台湾地区有权能的机构（例如目前的“大法官会议”）。只有在可能违反基本法的行为涉及到中央管理事务或中央与台湾地区关系的少数情况下，中央才有权启动主动释法的程序。
在这个方面，欧美宪政经验为我们提供了诸多启示。在美国，联邦法院仅有权处理联邦
宪法授权的争议，也就是所谓的“联邦问题”(federal question)和“异州管辖”(diversity jurisdiction)问题。如果争议涉及到联邦
宪法或法律（即“联邦问题”），公民私人或联邦司法部可以在法院提出诉讼。[27] 类似地，如果涉及到欧洲共同体的法律问题，欧盟委员会可以在欧洲法院起诉有关成员国，或联盟公民可以在国内挑战有关成员国的法律规定，而成员国法院可以选择将共同体的有关法律提交欧洲法院解释。
中国可以借鉴这种做法，授权国务院或其它专门机构将台湾地区可能违宪的行为提交
宪法授权机构（目前是全国人大常委会）进行解释。但如上所述，
宪法或基本法必须明确限定启动中央释法的几种情形。事实上，由于
宪法（譬如
宪法规定的基本权利）和全国性法律一般都不适用于台湾地区，中央释法的机会应该是很少的。既然大陆方面最关心的是台湾坚持“一个中国”原则，因而中央主动释法的对象应局限于那些具有分裂倾向的法律或行为。且为了避免将法律问题政治化，中央负责审查的机构最好是一个司法性质的机构（如法院），而不是政治性质的机构（如目前的全国人大常委会）。
其次，在相关的财政领域，既然全国性法律一般不适用于台湾地区的管理，台湾地区显然也应该和港澳特别行政区一样享有高度财政自治，无须向中央上缴税收。关于中央是否向台湾地区派驻军队以及由何方承担军队开支，主要由双方通过政治谈判达成共识，因而不是本文的讨论范围。[28]
最后，和港澳特别行政区一样，台湾地区也应该继续享有高度的司法独立。中央不应干预台湾地区司法部门的人选、机构的设置和诉讼程序等问题，也不应影响司法判决的终极效力。当然，对于涉及到
宪法或基本法规定的中央管理事务或中央与台湾地区关系，地方司法解释的效力必然是有限的。但如上所述，
宪法或基本法必须合理界定中央干预的权限，且中央审查机构本身应该具有司法性质。
2． 政治制度
由于台湾地区已经形成了自己的政治结构和选举过程，也就是在政治上已经基本上实现自治，因而不应照搬港澳特别行政区的现有模式。为了保证政治和社会稳定，台湾地区应在政治上享有高度自治，并尽可能保留目前的政治结构。只要符合“一个中国”原则，只要不以违宪的方式伤害中国其它地区的利益，台湾选民在政治过程中作出的基本选择就应该获得中央认可。且如上所述，对于违反
宪法基本原则的法律、法规或决定，中央有权通过适当的审查程序予以撤消；但在通常情况下，中央控制仅限于撤消台湾地区的官方行为，而不包括选民对政治领导人的选择。不到非常紧急或迫不得已的情况，中央政府不应质疑或干预台湾地区的政治过程以及从中自然产生的结果。
这种做法将偏离现有的港澳基本法模式，同时也是对两岸关系的一种考验。要顺利完成和平统一，大陆方面应调整处理地方关系的传统思路，逐步适应以平等和法治的方式处理中央与地方关系的纠纷。[29] 中央应逐步放弃对地方政府人选的控制，转而通过法治化的途径（譬如司法审查）保证包括台湾地区在内的地方政府行为合宪。
