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在这个意义上，特别行政区享受了超越联邦制的财政自治。事实上，特别行政区不独不向中央交纳任何地方税，而且还得到中央的无偿补贴。两部基本法的第14条规定，中央政府负责管理特别行政区的防务，但驻军费用却由中央政府负担。总的来说，特别行政区的财政自治与其高度的立法自治相对应。由于全国性法律一般不适用于特别行政区，中央和内地行政机构也不得干预特别行政区的运行，因而一般也没有理由对特别行政区征税。[14]
3． 司法独立
和联邦国家的州类似，特别行政区也享有高度的司法自治。两部基本法的第19条特别规定，“特别行政区享有独立的司法权和终审权。”不论是在任免还是审判过程中，特别行政区的法官都享有高度独立。特别行政区“法院独立进行审判”，不受任何干涉，且司法人员履行审判职责的行为不受法律追究。（香港基本法第85条、澳门基本法第83条）特别行政区法院的法官根据当地法官和法律界及其他方面知名人士组成的独立委员会推荐，由行政长官任命。（香港基本法第88条、澳门基本法第87条）香港终审法院的法官和高等法院首席法官的任命或免职，还须由行政长官征得立法会同意，并报全国人大常委会备案。（香港基本法第90条）澳门各级法院的院长由行政长官从法官中选任，终审法院院长的任免须报全国人大常委会备案。（澳门基本法第88条）一般认为，备案的要求并不对法官的任免权构成实质性限制。特别行政区的法官只有在无力履行职责或行为与职务不相称的情况下，行政长官才可根据终审法院的首席法官或院长任命的不少于三名当地法官组成的审议庭的建议，予以免职。（香港基本法第89条、澳门组织法第87条）[15] 因此，和内地人大代表制不同，[16] 基本法有效保证了特别行政区法官的独立性；无论是对中央还是对特别行政区其它政府部门，都不承担普通的政治责任。
在司法管辖权问题上，特别行政区法院除继续保持原有法律制度和原则对法院审判权所作的限制外，对特别行政区的所有案件均有审判权。当然，特别行政区法院对于国防、外交等“国家行为”没有管辖权，且受制于中央对基本法的解释。如果在审理案件中遇有涉及国防、外交等国家行为的事实问题，特别行政区法院应取得行政长官就该等问题发出的证明文件，且上述文件对法院有约束力。
另外，特别行政区解释基本法的权力也受到一定限制。香港基本法第158条、澳门基本法第143条规定，基本法的解释权属于全国人大常委会。后者授权特别行政区法院在审理案件时对基本法关于特别行政区“自治范围内的条款自行解释”。在审理案件时，特别行政区法院对基本法的其他条款也可解释。但如特别行政区法院需要对基本法关于中央政府管理的事务或中央和特别行政区关系的条款进行解释，而该条款的解释又影响到案件的判决，那么在对该案件作出不可上诉的终局判决前，应由特别行政区终审法院提请全国人大常委会对有关条款作出解释。在引用该条款时，特别行政区法院应以全国人民代表大会常务委员会的解释为准。
在关于什么是特别行政区“自治范围”的问题上，香港终审法院曾经和全国人大常委会发生过冲突。[17] 在“吴嘉玲等诉入境事务处处长案”，[18] 终审法院不但判决它显然有权审查特区立法机构所制定的法律，而且认为它有权审查全国人大及其常委会所制定的法律，从而引起了内地的强烈反应。1999年６月，全国人大常委会认定该案所涉及的香港基本法第22（4）条和第24条关系到中央管理的事务和中央与香港的关系，并在特别行政区行政长官和国务院的提请下对香港基本法的上述条款进行了解释。[19] 吴嘉玲案的结果表明，香港法院解释基本法的权力是有限的。但是总的来说，基本法中涉及中央管理事务和中央与特别行政区关系并不多，因而全国人大常委会解释基本法的机会也是相当有限的。这也说明了为什么在香港回归的8年时间内，全国人大常委会仅通过了3项解释，而对澳门则至今还没有行使过这项权力。[20]
4． 人事任免
如果说特别行政区在立法、司法和财政等方面享受高度自治，对于人事任免的自主权则相对有限。虽然特别行政区对自己的事务实行自治，但在重要官员的任命上受制于中央批准。一方面，两部基本法的第16条都规定，特别行政区享有行政管理权，依照基本法的有关规定自行处理特别行政区的行政事务。且由于“港人治港”是地方自治的题中之意，香港基本法第45条和第68条明确规定，行政长官和全部立法会议员最终将由特别行政区的选民自己通过普选产生。另一方面，根据两部基本法的第15条，目前的做法仍然是中央政府任命行政长官和行政机关的“主要官员”。行政长官依照基本法的规定，同时对中央政府和特别行政区负责。（香港基本法第43条、澳门基本法第46条）行政长官“在当地通过选举或协商产生，由中央人民政府任命”。（香港基本法第44条、澳门基本法第47条）[21] 由此可见，中央政府目前对于行政长官以及其他“主要官员”的任免发挥着直接作用。另外，通过人大常委会对基本法附件的解释，中央也控制着特别行政区的政治制度之发展。
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