在法律事务上，尽管中央保留最终的审查权，特别行政区仍享有高度自治权。首先，两部基本法的第8条和第17条规定：“特别行政区享有立法权”；特别行政区原有法律，“即普通法、衡平法、条例、附属立法和习惯法，除同基本法相抵触或经特别行政区的立法机关作出修改者外，予以保留。”[4] 特别行政区的立法机关制定的法律须报全国人大常委会备案，但“备案不影响该法律的生效”。[5]
其次，与此相关的是，除了基本法所特别列举的全国性法律之外，特别行政区一般只适用基本法以及特区所制定的法律。两部基本法的第18条规定，在特别行政区实行的法律包括基本法、符合基本法的原有法律和特别行政区立法机关制定的法律。除了列于基本法附件三的法律之外，全国性法律一般不在特别行政区实施。全国人大常委会在征询其所属的特区基本法委员会和特别行政区政府的意见后，可对列于附件三的法律作出增减，但任何列入附件三的法律，限于有关国防、外交和其它按基本法规定不属于特别行政区自治范围的法律。[6] 可以说，这些全国性法律并不触及到特别行政区的基本制度。只有当全国人大常委会决定宣布战争状态，或因特别行政区内发生特区政府不能控制的危及国家统一或安全的动乱而决定特区进入紧急状态，中央政府才可发布命令，将有关全国性法律在特别行政区实施。因此，除非社会形势发生剧烈变化或紧急状态权力受到滥用，全国性法律在特别行政区实施的机会是很小的。在通常情况下，特别行政区仅限于实施自己的法律。
应该指出的是，特别行政区的立法自治不仅远高于实行单一制的内地，[7] 甚至也高于联邦制国家。事实上，在所有联邦制国家，虽然联邦立法权被局限于有限范围内，[8] 但合宪的联邦法律不仅适用于所有地区，而且构成了地方的“最高法律”。例如美国联邦
宪法第
6条明确规定：“本
宪法以及根据其所制订的合众国法律…乃是国家的最高法律。不论任何州的
宪法或法律是否与之相抵触，各州法官均受之约束。”由此可见，在联邦制国家，无论是州还是其下属地方政府都必须适用联邦法律，除非有关法律因被联邦法院宣判违宪而无效；无论是州或地方政府的立法、行政还是司法机关，都不得抵制合宪的联邦法律在本地适用。[9] 在这个意义上，特别行政区的立法自治程度比美国等联邦国家的州更高。
当然，对于特别行政区的最高法律——基本法，[10] 特别行政区的修改权是有限的。特别行政区可以提出基本法的修改议案，但最终修改基本法的权力在于中央。香港基本法第159条、澳门基本法第144条规定，基本法的修改权属于全国人大，修改提案权属于全国人大常委会、国务院和特别行政区。特别行政区的修改议案须经特别行政区的全国人大代表2/3多数、立法会全体议员2/3多数和行政长官同意后，交由特别行政区出席全国人大的代表团向全国人大提出。特区修改议案的提出同时需要其在中央议会和本地议会的超多数通过，并征求行政长官同意，可以说是相当严格的要求。因此，如果说基本法相当于特别行政区的“
宪法”，那么其制定、修改与最终解释权都不在特别行政区本身，而在于中央。这项限制确实体现了单一制特征，因为联邦制下的州一般都有独立的制宪权和修宪权。尽管如此，由于基本法本身保证特别行政区立法、司法和财政的高度独立，且至少在可见的未来这些基本
宪法原则不会更改，因而特别行政区在法律上的高度独立应该说具有可靠的保障。
2． 财政自治
一般认为，财政关系是立法关系的一种，因为征税一般都必须通过法律才能进行。和高度立法自治相对应，特别行政区在财政上保持高度独立。香港基本法第106条、澳门基本法第104条规定：“特别行政区保持财政独立。”特别行政区财政收入全部由特区“自行支配，不上缴中央人民政府。”中央政府也不在特别行政区征税。[11]
众所周知，这是一种极为特殊的制度安排，因为在单一制的
宪法框架下，中央政府的征税权是全面甚至无限的，有权对领土范围内的任何地区进行征税。[12] 即使在联邦体制下，联邦政府虽然没有权力直接针对地方政府征税，但一般也完全有权对其领土范围内的所有公民或法人征税。例如美国联邦
宪法第
1条明确规定：“国会有权制订并征收国民税、关税、进口税和货物税”，而只是要求“所有关税、进口税和货物税应该在合众国范围内全部统一”。一般认为，受制于民主政治过程对横征暴敛的控制，联邦政府的征税权是“全面”(plenary) 的。[13]
