当然，也不排除存在着思想与表达的难以区分的情况。特别是在计算机软件方面，有时思想与表达的区分不是那么很明显。例如，关于程序的“结构、顺序和组织”是否具有著作权性，在美国曾经存在争论。美国第三巡回法院认为，结构、顺序和组织具有可著作权性，也就是说著作权应该延伸到程序的结构、顺序和组织。批评者认为，这种延伸不大符合著作权的原则。他们把程序的功能性方面等同于可著作权的表达方式。
[14] 这种情况的出现导致了所谓“合并原则”的产生。该原则是，如果语句的构建方式是思想表达的唯一的合理的方式，或者是几个合理的方式之一，那么语句的构建的方式受到的保护将是极小的或者根本就不受保护。如果无法从表达中区分思想，那么就不能获得著作权。
确实，在有些特定的情况下，由于思想的表达方式非常有限，以致对表达的保护会损害到他人对思想的自由的获取，此时如果对表达的保护不加以限制的话，就会因为给予表达的保护而使其他人的境遇变坏。在这种情况下，
著作权法在制度设计上就应该体现对著作权的表达的保护的特有限制。[15] 在极端的情况下，如果思想和表达混合在一起，授予著作权相当于对于抽象的思想授予了著作权。因此，此时也不应该授予表达以著作权保护。
上面的分析表明，从理论上讲，著作权中思想与表达的区分界限是比较清晰的。不过，在实践中，这种区分有时并不是那样很明显，特别是那些与技术相关的客体。这方面例子不少，这里仅以富有争议的“计算机可视桌面”为例略加讨论。
计算机可视桌面是计算机技术发展的产物。在这个桌面上计算机的操作者以图表表示档案、文件和程序等。在对计算机的可视桌面是否给予保护这一问题上，基于对“思想”、“表达”认识的不同而得出了不同的结论。一种观点主张计算机可视桌面是作品的“表达”，它们作为标准的地位是“对特定制造商的礼品，不能认为是把表达转化成思想”。另一种观点则认为，视听方面在计算机市场方面是如此的标准化，给予其保护可能会使人排除计算机的竞争性厂商，因为对于视听桌面的拥有将会使延伸到计算机。在Landes 和Posner看来，这一争议能够通过经济学上的分析加以解决。具体是通过比较容许一个公司占有已经成为工业标准的桌面和对于原创人有显著影响的自负成本，如果该占有是被禁止的话。根据他们的模型，视听桌面是未来生产的原材料，而未来生产商的利益比视听桌面生产商要大。他们认为不给予保护对于生产商的影响是很小的，因为一个特定的展示形式成为工业标准的可能性很小。另外，获得这样一种地位的公司被授予可能会有一些重要的回报，而表达富有表现力的很小的一部分无论如何却应该受到保护。简言之，生产商不会基于成为工业标准而去投资，因为这种可能性很小，而创制了工业标准的制造商从中能够获得一些收入。然而，随着时间的过去，有一种可能性被忽视，如视听桌面这样的商品制造者可能对成为工业标准的商品越来越感到敏感。微软公司就是重视将自己的产品变成工业标准的典型。比尔盖茨在1981年曾说过：一个标准可能会产生出一个公司“适当的文件、适当的训练，并通过动力，使用付费，销售力，及价格在生产（类别）上建立一个强大的地位”。[16] 另外，那些想成为操作系统的供应者的公司，可能会从公司战略上考虑，有意将他们的一些权利进入公有领域，并且鼓励开发商开发他们的系统，其目的则是希望有越来越多的用户使用他们的系统。处于这种公司战略性考虑，它们可能会把对界面的权利进入公有领域，放弃阻止他人利用的权利。这对于那些想开发平台的开发商和必须应用工作平台的用户都是重要的。在这种情况下，就无必要谈论保护问题了。
