从上述归纳可见，在我国整个司法鉴定制度中，承担相关行政许可权限的主要是司法行政机关。因此，分析行政许可时必须首先以司法行政机关为对象。
在现行的司法鉴定制度中，司法行政机关履行该行政领域中行政许可权限的主要依据为：首先是源于国务院办公厅以内部文件[2]方式颁发的经国务院批准的《司法部职能配置、内设机构和人员编制规定》。该规定的司法部的内部机构法规教育司的一项职责是“指导……面向社会服务的司法鉴定工作”。之后，司法部于1999 年8 月24 日发布《
司法部关于组建省级司法鉴定协调指导机构和规范面向社会服务的司法鉴定工作的通知》，[3]从这项行政指导的职责处罚出发设定“司法行政机关作为面向社会服务的司法鉴定工作的业务主管机关”。在此基础上，通过发布《司法鉴定执业分类规定(试行) 》[4]、《司法鉴定许可证管理规定》[5]、《
司法鉴定人管理办法》[6]、《
司法鉴定机构登记管理办法》[7] 等一系列的行政规定和部门规章，建立起了司法鉴定的行政许可制度。
其次，还需注意到的是司法机关，比如人民法院也通过建立司法鉴定许可的设定制度。这在事实上使得非行政机关的司法机关本身也拥有了司法鉴定“行政”许可权限，例如，法院本身也通过自身发布的规范建立起相应的司法鉴定制度，其中也赋予相关机构和人员从事司法鉴定的资格。例如《
人民法院司法鉴定工作暂行规定》[8] 第
6 条第1 款规定：“最高人民法院、各高级人民法院和有条件的中级人民法院设立独立的司法鉴定机构。新建司法鉴定机构须报最高人民法院批准”。从这项规定中可以看到，最高人民法院也通过自身设置的规范设立了对法院体系中独立的司法鉴定机构的许可权。不仅如此，根据《
人民法院对外委托司法鉴定管理规定》[9]第
6 条的规定“， 人民法院司法鉴定机构应当对提出申请的鉴定人进行全面审查，择优确定对外委托和组织司法鉴定的鉴定人候选名单”，由此对法院之外的其他组织和人员也拥有了许可权。
