然而，这三个案例又确实触及了学术自由权的边界。莫尊通案和叶训祥案涉及教师的退休和辞退，同时涉及对政府行政部门干预教育机构自主权之法律根据的审查；田永案甚至涉及了对高等教育机构自主权与公民个体权利之间冲突的辨析，非常近似于西方国家关于机构的学术自由权（institutional academic freedom）与个人的学术自由权（individual academicfreedom ）的区分，同时，该案判决关于正当程序的强调——“退学处理的决定涉及原告的受教育权利，从充分保障当事人权益原则出发，被告应将此决定直接向本人送达、宣布，允许当事人提出申辩意见”，也似乎是对学术正当程序（academic due process）原则的阐明。
二、为什么我国很少典型的学术自由侵权案例
在逻辑上，缺少典型的学术自由侵权案例可能有多种原因。例如，学术自由权获得了良好的保障，侵权纠纷少有发生；学术自由侵权的司法救济渠道堵塞，法院不愿受理；学术自由在实践中尚很少被视为一种可诉的法律权利，作为法律权利的学术自由权概念尚不完整，从而，不仅法院不愿涉足学术自由案件，当事人也对是否通过司法途径解决学术自由纠纷犹豫不决。这里先围绕上述三个案例，就法院受理情况稍作分析。
整体上看，三个案件的受理均受到了质疑。莫尊通案中，法院对于该案能否作为行政案件受理从一开始就存在很大分歧。反对意见认为，根据
行政诉讼法第
12条的规定，人事主管行政部门批准教师退休的行政行为引起的行政争议，不属行政诉讼受案范围，法院不应立案受理；同时，
行政诉讼法所规定的受案范围，基本上限于认为人身权和财产权受侵犯可提起诉讼，没有包括劳动权。赞同意见则认为，根据
行政诉讼法第
2条，行政相对人认为具体行政行为侵犯其合法权益，依
行政诉讼法其他有关规定，就可以起诉；本案中，原告莫尊通属于福清市人事局所管理的事业单位教职员工，不属国家公务员序列；法律没有明确规定行政机关的具体行政行为侵犯公民的劳动权利不属于行政诉讼受案范围。叶训祥案中，除有关劳动权的辩解之外，受理问题的争议基本一样。[05]田永案在受理问题上的争议，则主要是北京科技大学作为被告是否适格的问题。[06]按照
行政诉讼法第
12条的规定，对下列事项提起的诉讼，人民法院均不受理：国防、外交等国家行为，行政法规、规章或者行政机关制定、发布的具有普遍约束力的决定、命令，行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定，以及法律规定由行政机关最终裁决的具体行政行为。其中，根据《最高法院关于执行<
中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》（2000）第
4条，“行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定”，是指行政机关作出的涉及该行政机关公务员权利义务的决定。根据
行政诉讼法第
2条和第
25条的规定，作为行政诉讼被告的，只能是行政机关或者“由法律、法规授权的组织”。一方面，学术机构通常不属于行政机关，其是否属于“法律、法规授权的组织”则存在争议，因而它能否成为适格的被告，在实践中常常是法院反复考虑权衡的问题；另一方面，即使它能够成为适格的被告，其中的工作人员大多是作为“干部”来管理的（如莫尊通案和叶训祥案中被告所主张的），常被视为“公务员”对待，因而机构的侵权又常以“行政机关对行政机关工作人员的奖惩、任免等决定”之排斥条款为据，而被排斥在受理范围之外。
