其次，农户转让土地的权利也受到法律限制，制约了农民转营其他行业或迁居进城的机会。在东南沿海工商业比较发达的地区，农村居民另有谋生途径，往往没有足够的精力从事农业生产，但还是要承担由土地带来的税费，因此土地已成为负担。[45]尽管
《土地承包法》允许土地流转，但目前农村土地所有权虚拟的问题并未解决，而且土地的最终处分权仍然为政府及其代理机构所控制。所以，农民的承包地能否自由和公平地流转，显然面临相当多的障碍。[46]
《土地承包法》虽然规定“承包方全家迁入小城镇落户的，应当按照承包方的意愿，保留其土地承包经营权或者允许其依法进行土地承包经营权流转”，但同时又规定，“承包方全家迁入设区的市，转为非农业户口的，应当将承包的耕地和草地交回发包方”。[47]这样的制度限制要求农民进城时必须无偿地放弃承包地，这样就使进城农民以往在土地上的投资无法通过土地买卖收回，也令尚未进城的农民失去在土地上投资的兴趣。更重要的是，这一限制实际上是对进城农民土地流转权利实行不公平的剥夺，结果是他们一旦进城就成为名符其实的无产者，甚至可能沦为城市贫民。[48]这样的规定事实上阻碍了农村居民进城谋生。
再次，越演越烈的政府征地也严重剥夺了农民处分土地的自主权，成为造成农民贫困的一大根源。1990年代以来，中国的“圈地运动”造成数千万农民失地失业，平均每年流失的耕地数量为1，000万亩以上，人为征、占耕地数量为500万亩，按人均2亩耕地计算，13年间失地农民数量至少达6，500万人次。国务院发展研究中心课题组提供的数据表明，1987年至2001年，中国非农建设占用耕地3，394.6万亩，其中70％以上是征地，这就意味着至少有2，276万亩耕地由原来的农民“集体所有”变成了政府所有。按照《全国土地利用总体规划纲要》，2000年至2030年的30年间，占用耕地将超过5，450万亩，这意味着失地农民的队伍还将急剧扩大。[49]
这种运用国家权力对农民及其“集体”土地产权的征用，充满了不公正、不公平和不合理。现行法律规定，“农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权”，而且“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地”。[50]这样，“农民集体”所有的土地就随时可以被政府以“征用”为理由而变成“国家所有”，然后政府再把“国有土地使用权”出让给建设单位[51]，农民“集体所有”土地的处分权实际上掌握在政府手中。虽然各国都有政府征用土地的制度和实践，但中国这种“征用”却与各国的正常情况不同。在中国，“征用”农民的土地常常是借助政府的行政权力对农民强制性剥夺，而且“征用”的目的也未必是基础设施建设等公共目的，而可能是政府部门与房地产开发商勾结强占民地图谋暴利。
例如，山东省升华玻璃厂需要建厂土地，当地政府于2003年2月强行征用山东省新泰市谷里镇北谷里村一百余户村民的口粮田。农民的这些承包地原来都有长达30年的承包合同“保障”，但当地一位土地管理部门的官员认为，虽然依照法律和规章制度，征地需要经过每个村民的同意并签订协议，但只要政府认为必要，哪怕只有村委会干部的认可，国土管理部门也照样可以发放征地文件和证书。在新泰市的这个强制征地案中，当地派出所竟然还出动了6辆警车，将不同意征地的农民拘留了十几天。于是，尽管征地手续尚未办妥，升华玻璃厂就在这块抢占的土地上举办动工的奠基仪式了。
由于不少地方政府官员急于取得政绩以谋求升迁，所以往往在资金和土地尚未准备妥当、项目可行性研究也未完成的情况下，就强行推动一些工程项目的开工，于是就出现了对农民的土地“先用后征”的违法用地情形，甚至到了工程剪彩时征用土地的手续还未完成，就连一些国家重点工程也是如此。[52]
第四，农民的土地产权日益成为私营企业“圈地”的牺牲品。目前将农民的土地纳入私人的公司化经营已经成为一种趋势。不少村委会和农村集体经济组织往往越俎代庖，搞“捆绑式”的土地流转，不让农户与有关的公司或企业直接谈判，侵犯了农民的自由意志与参与权利，这样在农村土地市场发育的过程中土地的真正所有者农民却不具备市场主体地位和自主决策权利。
在农民与公司的谈判过程中，任何彻底放弃土地承包权和使用权的合同都会伤害农民的根本利益。有专家指出：如果能够通过“公司+农户+基地”的方式组织生产经营和配置土地，就应该尽量不实行土地租赁或土地转让；如果适宜与农民签定产品合约的，就应当尽量不签定土地要素合约；如果适宜短期土地租赁的，就尽量不签定长期土地租约。[53]但在许多情况下，公司与农民谈判时并不遵行这3条原则，经常损害农民的权益。中国农业部副部长齐景发也认为，正在兴起的“公司＋农户＋基地”的发展模式，将使这些“基地”上的农民从此演变为“基地”的依附，其产品的供销渠道完全由这些公司控制，农民将失去选择权和自主权，仅仅成为“基地”的生产工具。[54]
