此外，由于专利行政管理部门不能依据司法解释来审理案件，而国家知识产权局又无法规定专利侵权的判定规则，因此往往出现专利行政管理部门对于侵权判定的掌握与法院有所不同，这样就形成了同一专利案件，得到的处理结果却可能截然不同的局面，既不利于执法统一，又损害了法律的威严。
4.保留专利行政管理部门查处假冒他人专利或者冒充专利行为的行政执法权，取消其处理专利侵权案件的权力，不会削弱我国知识产权保护的力度。 本次送审稿第3条中规定了“地方人民政府专利行政管理部门负责本行政区域内的专利管理工作”。这样一来，专利行政执法主体的级别范围就有可能从现行的“省、自治区、直辖市人民政府”扩大到了“县级人民政府”。由于专利侵权案件技术性强，且多为疑难、复杂案件，行政执法权的下放必然会导致行政裁决质量的下降，同时也存在着增加行政诉讼数量的隐患，反过来加重基层人民政府行政资源和司法资源的负担。
而假冒他人专利和冒充专利案件社会危害性大，近年来呈上升趋势。专利行政管理部门作为法律授权的行政主体，在行政执法主体范围扩大后就可以专门及时有力地制止这两类违法行为，充分地发挥维护市场秩序的政府职能，从公共利益的角度加强知识产权保护。另外，此类案件事实认定简单，违法者主观恶意明显，不易产生行政诉讼。
5.取消专利行政管理部门处理专利侵权案件的职能，不会在国际上造成负面影响。随着涉外专利纠纷数量增加，根据国民待遇原则，外国专利权人也可以请求地方专利行政管理部门调处专利侵权纠纷，这就使外国人回避了诉讼程序中若干风险，占用大量行政资源且不必缴纳任何费用。由于行政权力介入专利侵权民事纠纷是我国独有，在其他国家没有此类行政解决渠道，在TRIPs已经明确规定专利权属于私权的情况下，作为民事纠纷性质的专利侵权案件完全交由法院审理是符合国际惯例的。所以我国专利权人到外国处理专利侵权纠纷只能去该国法院提起民事诉讼，巴黎公约和WTO规定的对等原则对我国专利权人在国外借助行政执法维权无法体现。
6.取消行政管理部门处理知识产权民事纠纷案件的职能，同时加强行政管理部门查处危害公共利益的知识产权违法行为的力度，可以使行政机关回归监管本位。在这一问题上，我国的著作权行政管理部门已经先行一步。2001年修改的《
著作权法》第
47条规定，属于同时损害公共利益的民事侵权行为，可以由行政管理部门予以查处，而该法第
46条规定的仅仅属于民事纠纷的情况，当事人并不需要承担行政责任。
二、“专利申请权”概念经二十多年普及已广为人知，创设新概念取代易造成混淆
送审稿在第11条以及第14条中均使用了“申请专利的权利”的概念。在送审稿的说明中称，“申请专利的权利”是现行
专利法第
6条、第
8条已经采用的概念，并非此次修订
专利法新加入的概念，其含义是指单位或者个人在向国家知识产权局提出专利申请之前，对其已经完成的发明创造或者即将完成的发明创造所享有的申请获得专利保护的权利。
