实践证明，
专利法实施二十多年来，专利管理机关在保护专利权，及时制止专利侵权行为方面发挥了极大作用。但是，随着我国社会主义市场经济制度的建立，国内外知识产权保护形势有了新的发展，特别是在我国法院系统已经建立和健全了一整套知识产权司法保护体系的情况下，有必要重新审视专利行政管理部门对具有民事纠纷性质的专利侵权案件进行行政处理的做法。
考虑到现行
专利法规定专利行政管理部门行政执法的职能有三个，即处理专利侵权纠纷、查处假冒他人专利行为、查处冒充专利行为，我们认为，保留专利行政管理部门查处假冒他人专利行为和查处冒充专利行为的权力，甚至强化执法力度，取消对具有民事纠纷性质的专利侵权案件进行处理的行政裁决权，对于我国知识产权保护利大于弊。理由如下：
1.专利行政管理部门属于国家行政管理和行政执法机关，在日常的执法过程中遵守和执行的是公法性规范。而专利侵权纠纷属于民事纠纷案件，涉及一方当事人对另一方当事人财产权利的侵害，作为国家行政管理部门对此类纯私法规范调整的纠纷不宜介入。
尤其是在《
行政诉讼法》实施以后，对于地方专利行政管理部门调处专利纠纷的行政裁决不服的当事人，可以通过行政诉讼寻求法律救济。但是，行政诉讼中人民法院只是对行政决定的合法性进行审查，而并不去裁判侵权纠纷中的事实与责任，其行政判决大多是维持行政裁决或者撤销并责令重新作出行政裁决，而不能直接涉及到侵权行为当事人之间具体的权利义务关系。这样，一方面使一方当事人面临着与行政机关对峙的不平等地位，而另一方面，对方当事人也面临着在行政诉讼程序无法充分维护民事权利的尴尬局面。
2.我国的知识产权司法保护体系经过二十年的发展已经建立健全，全国各级法院已经培养起一支专门的知识产权审判队伍。据2006年初的统计，全国法院单设知识产权庭172个，专设知识产权合议庭140个，共有知识产权法官1667人。2002年至2006年的5年间，全国地方法院共受理和审结知识产权民事一审案件54，321件和52，437件，其中，受理专利案件12，883件。另一方面，经过二十年的发展，我国知识产权保护的法律实践和理论研究也取得了长足进步，在这些经过实践检验行之有效的侵权判定规则当中，绝大部分是人民法院在司法审判中总结和归纳出来的，与二十年前相比，懂法律懂技术的法官队伍越来越庞大。
但是，由于 “两条途径”处理专利侵权案件，又造成了司法资源的浪费。一方面部分法院因为专利案件数量少，知识产权审判庭不得不同时审理着其他民事案件；另一方面约33~50%的专利侵权案件由地方专利管理机关受理并进行了处理，而这些行政处理的案件中又有一部分案件进入了行政诉讼程序，再次加重了行政审判的负担。
3.“两条途径”处理专利侵权案件在程序和结果上也会造成执法不统一。专利行政管理部门行政执法所依据的程序法是国家知识产权局颁布的《
专利行政执法办法》。人民法院在审理专利侵权案件依据的是一系列的专门司法解释。因此，行政机关处理专利侵权纠纷案件更强调公法规范而并不像民事诉讼那样关注当事人程序权利的保障。尤其是
专利法增加了诉前临时禁令等措施以及最高法院实行了新的证据规则以后，《
专利行政执法办法》不能充分保护当事人利益的缺点更为明显。
