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将地理标志纳入商标制度，强调了地理标志作为知识产权私权利的法律地位，可以为权利人提供较为充分的法律保护，而“保护规定”则强调了原产地名称的共有性以及对企业生产过程和产品质量的监督和控制。由于两套制度的同时存在，必将给当事人造成无所适从和资源浪费，甚至产生一些不必要的法律纠纷。从法律的位阶上看，商标制度是通过法律以及国务院的行政法规建立起来的，而“保护规定”仅仅是一部部门规章，其效力应当低于法律和行政法规。因此，当农业企业在进行地理标志保护过程中遇到这两种制度的规定直接冲突时，选择商标制度保护自己的地理标志更加稳妥一些。
三、农业知识产权的保护
所谓农业知识产权的保护，就是指当农业企业的知识产权遭到侵害时，其权利人依法向主管机关请求予以制止的过程。按照我国现行的法律体系，对农业知识产权的保护主要有司法保护和行政保护两个途径，另外，根据TRIPS的要求，我国也建立了边境保护措施（即海关保护措施）。
（一）农业知识产权的司法保护
所谓司法保护就是通过司法机关进行的保护，也就是通过诉讼手段进行的保护，农业知识产权的司法保护又包括民事诉讼保护和刑事诉讼保护，其中农业知识产权的民事诉讼保护又包括专利诉讼、商标诉讼、著作权诉讼和商业秘密诉讼等，限于篇幅，本文以植物新品种民事侵权诉讼为例介绍农业知识产权民事诉讼的保护。
1、 植物新品种权的民法保护
所谓植物新品种民事侵权诉讼就是指他人未经许可，侵犯植物新品种权，权利人向人民法院提起的侵权之诉。由于植物新品种权的是我国法律新近确认的一种民事权利，其诉讼中有一些不同于传统民事诉讼的新内容，本文特别介绍如下：
（1）原告
植物新品种诉讼的原告应当是品种权人或者利害关系人。所谓利害关系人包括植物新品种实施许可合同的被许可人、品种权财产权利的合法继承人等，其中独占实施许可的被许可人可以单独起诉，排他实施许可和普通实施许可的被许可人在品种权人不起诉或者授权时，可以单独起诉。
（2）管辖
按照最高人民法院的相关规定，涉及植物新品种权的民事纠纷案件共有十一种类型，侵犯植物新品种纠纷案件只是其中之一。这些纠纷除了五种涉及行政审批程序的由北京市第二中级人民法院管辖以外，其他六种案件，包括植物新品种侵权纠纷均由各省、自治区、 直辖市人民政府所在地和最高人民法院指定的中级人民法院作为第一审人民法院审理。
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