那么，为什么微软公司仅就FAT文档这个重要技术发明申请少量专利呢？FAT文件系统有较为悠久的发展史。微软公司最早在1982年的MS-DOS 2.0系统中使用了FAT文件格式技术，但是最基础的技术没有申请专利。事实上，微软公司在初期发展的十多年中基本不申请专利，也没有专利保护意识，1993年遭遇软件专利侵权诉讼后，微软公司才启动了专利挖掘、部署工作。微软公司在1995年、1996年申请两篇FAT文件系统专利的时候，FAT技术的应用已经相当广泛，但是微软的专利挖掘、部署策略还处于探索阶段，还没有意识到构造专利丛林的重要性。目前，微软公司的专利策略已经进入构造软件专利丛林的新阶段，其年度美国发明专利申请量已经从最初的几十篇增加到3000多篇，它在美国国内的总申请量已经超过2万篇。尽管专利总量已经上去，但是微软公司一些没有形成专利丛林的技术领域还是容易受到各种形式的外来攻击。例如，产品覆盖面极为广阔的FAT文件系统技术主要受上述两篇专利保护。由于市场利益大、专利数量少，该技术领域出现了破坏这些专利稳定性的法律诉讼。
　　在美国，相关法律程序早已出现，但是2003年出现了较大的调整。总体上，它允许任意第三人在未受到专利侵权诉讼威胁的情况下，仅根据自己对特定专利的专利性判断提请美国专利与商标局对任意一个已经授权的美国专利进行重审。但是，重审程序主要有两种，“单方重审”可以针对任何授权专利。重审员一般是原来授予专利的审查员。重审申请人一般不参与重审，主要是重审员与专利权人合作答复重审请求和证据清单。用这种重审撤销专利的难度较大。“多方重审”只能针对1999年11月29日之前美国专利与商标局授权的专利，但是任何利益相关人，包括重审请求人都可以参加重审程序，以充分发表各自的意见。
　　2003年，以保护“公共技术领域”为己任的美国公共专利基金会用“多方重审”的法律程序对微软公司的上述FAT文件系统专利提出了重审请求，并建议美国专利与商标局以缺乏新颖性、非显而易见性为由撤销微软的专利权。2004年9月底，美国专利与商标局就上述两项专利分别做出专利重审裁决，初步裁定上述FAT专利应予撤销。微软公司不服，遂于90天的时效内提起复审请求。2006年1月份，微软公司在美国专利与商标局赢得复审诉讼，上述两项专利的稳定性再次得以确认。
　　在复审诉讼中败诉的美国公共专利基金会主席Dan Ravicher认为，任何人还可以继续挑战微软的FAT专利，尤其被控专利侵权的企业可以申请微软的FAT专利无效。微软公司知识产权和许可集团的商业发展部主任David Kaefer则指出，微软公司从来没有提起过任何一件专利侵权诉讼。相反，专利许可是微软公司的主要策略。微软公司对FAT文件系统确定的专利许可使用费标准是：每个产品25美分，或者每个制造商25万美金。目前，一大批著名企业已经打包购买FAT文件系统专利的使用许可。不过，一些地区的专利审查结果也影响到微软的收费进度。例如，德国专利和商标局以缺乏创造性为由驳回了微软公司US5758352号专利的欧洲同族专利申请——EP0618540号专利。这削弱了德国企业支付FAT专利使用费的积极性。

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