4、法院调解程序的设定不健全
程序不健全是当前法院调解制度存在的主要问题，体现在以下几个方面：
第一、调解无审级限制。只要当事人自愿，不管是一审、二审还是再审，任何审判阶段都可以依法进行调解。表面上看，这是对当事人诉权的保护，也是鼓励用调解的方式平息纷争，促使各方友好相处。而实质上,这不符合二审程序及再审程序的设置目的。从审级分工职能而言，二审和再审程序是为当事人提供权利救济的机会， 纠正一审或已生效判决的错误，公正的追求显然是首要的目标管理。既然当事人已经进入了二审及再审程序，就有理由认为他们是为了寻求审判和正义而来，并非为了寻求法院调解和效率而来。而且任由当事人合意推翻一审或已生效的判决(尤其是公正判决)，必然损害法院判决的权威性。只要一审或已生效裁判实体正确，程序合法，就应当驳回上诉或再审申请。至于当事人之间自愿就债权债务数额多少进行调整，可在执行程序中通过和解程序解决。
第二、调解程序启动的随意性。由于我国法律对调解权的行使和调解程序的启动缺乏明确的规定，在司法实践中，调解程序的启动随意性较大，法官只要认为有调解可能的，随时都可以进行调解，有的案件甚至在合议庭合议时因为对案情或适用法律较难把握，而不顾当事人已明确表示不同意调解的情况，又重新启动调解程序并且反复调解。超职权主义色彩的渗入，造成诉讼调解中法官中心地位和主导作用过于突出，双方当事人诉讼权利受到一定压制，当事人自由选择纠纷解决方式的诉讼权受到侵害，同时也为“强制调解”、“恣意性调解”留下了广泛的空间，失去法院调解所具有的独特的公正价值。
第三、调解主体不明确。《
民事诉讼法》第
86条规定“人民法院进行调解可以由审判员一人主持，也可由合议庭主持”，但从司法实践看，为提高办案效率，法院调解几乎百分之百由审判员一人主持， 造成调解组织形式与民诉法相违背。法官主持调解时，适用普通程序的，一般由审判长一人主持调解，但在调解书上却大多以合议庭的名义对调解协议内容予以确认，法院调解中合议庭基本流于形式，“合而不议”，“议而不发表意见”，一般由审判长提出意见，其他合议庭成员简单附和,实际上是由合议庭中其中一人说了算。这容易造成办人情案、关系案，甚至造成严重侵犯一方当事人权利的情况。
