农村土地权属不清的另一重要历史原因是农村地籍管理制度的严重缺失和混乱。建国后，我国农村地籍制度一直都未完善，具体体现在土地登记制度和土地权属证明发放工作的缺失，以及土地权属档案资料的严重遗失。这造成了农村土地集体所有权界定不清的严重后果。
2.立法模糊。《
宪法》第
10条和《
土地管理法》第
8条对农村土地如何界定集体所有与国家所有，有一个原则性的规定：“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。”字面上看，农村土地属于农村集体所有，依据法律规定属于国家所有的除外。而其它相关的法律如何规定?《
宪法》第
9条对具有自然资源属性的广义之地的所有权界定的规定是：“矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，都属于国家所有，即全民所有；由法律规定属于集体所有的森林和山岭、草原、荒地、滩涂除外。”显而易见，对于具有自然资源属性的广义之地，其是实行国家所有优先推定的，这与《
宪法》第
10条和《
土地管理法》第
8条对农村土地集体所有的优先推定相矛盾。1998年国务院《
土地管理法实施条例》第
二条对国家所有的土地以列举的方式做了进一步规定。其中的第(四)项规定“依法不属于集体所有的林地、草地、荒地、滩涂及其他土地”此规定似乎也可以看成是农村土地国家所有的优先推定。
其实，从以上的法律规定可以看出，农村土地权属的国家所有优先推定的倾向性更强。这种立法上的模糊矛盾也就导致了农村土地界定不清的进一步加深。
3.法律理解与理论认识不一。此点以及由此带来的在法律适用过程中的混乱是又一重要原因。而这个问题的产生，其根源还在于立法的模糊不清。对农村土地所有权的界定，目前主要有两种观点。其一，认为法律未加明确规定且有权属争议的农村土地应实行农村集体所有的优先推定。理由如下：从集体土地所有权的产生来看，《
土地管理法》的规定较为合理，且《
宪法》第
10条是为支持；从法律效力的层次来看，《
宪法》具有最高效力，其他法律规定与《
宪法》不一致时应以《
宪法》为准。但问题是，《
宪法》第
9条与《
宪法》第
10条具有同等法律效力，为何只适用《
宪法》第
10条，而置第
9条于不顾呢？况《
宪法》第
9条恰恰是对具有自然资源属性的农村广义土地实行国家所有的优先推定。其二，认为在城市市区以外，还有大面积的土地属国家所有，其中有些与集体土地相邻或者交错，在发生权属争议，而又无确凿证据证明属于集体所有时，应推定为国有。其理由主要有：一是现行的法律规定，主要是1998年国务院《
土地管理法实施条例》第
2条第4款规定，即依法不属于农村集体所有的林地、草地、荒地、滩涂及其他土地属国家所有。二是依据民法理论，“无主地应归属国家所有”。
