我国个人所得税法之所以长期采用分类所得税制模式，主要是基于我国公民的纳税意识比较淡薄，税收征管制度不够完善的现实。这种模式适应源泉征收的要求，然而,它并不是一种理想的税制模式，其弊端主要表现如下：
（一）分类所得税制模式难以体现税负公平
我国现行
个人所得税法对不同来源的所得采用不同的征税标准和方法，不能全面、完整地体现纳税人的真实纳税能力，造成了所得来源多、综合收入高的纳税人不纳税或少纳税，而所得来源少、综合收入低的纳税人却要多纳税的局面，不能体现“所得多，多纳税；所得少，少纳税；无所得，不纳税”的公平税负的立法原则。相同收入额的纳税人会由于他们取得收入的类型（项目）不同，或来源于同类型的收入次数不同而承担不同的税负，这就产生了横向不公平。不同收入的纳税人，由于他们取得收入的类型不同而采用不同的扣除额、税率、优惠政策，甚至同类型收入由于次数不同也会使这些因素改变，从而出现高收入者税负轻、低收入者税负重的现象。这就产生了纵向不公平。此外，不同类型（项目）所得的计征时间规定不同，分为月、次和年，不能反映纳税人的支付能力，使课税带有随意性。实践中以上存在的问题不仅不能改善收入分配上的不公平程度反而会使不公平程度进一步恶化。
（二）分类所得税制模式对经济的变化缺乏弹性
现行的分类税制模式宏观调控能力弱。在综合所得税模式中，可以根据零售物价上涨指数对免征额、费用扣除额、税率级距等进行调整，从而保证税负不会由于通货膨胀而增加。但在分类所得税制中，由于其是对不同所得项目采用不同的征税标准，税负很难根据通货膨胀进行相应的指数化调整。而在我国社会主义市场经济中，物价水平必然会有一定波动，此种情况下，分类所得税制模式难以实现个人所得税对经济的稳定调节作用。
（三）分类所得税制模式易产生税收征管漏洞
从分类所得税制模式的特点可以看出其容易产生制度性的漏洞，使纳税人可以通过转移类型、分解收入等手段达到降低税率、获得减免、多扣除或减少应税所得的目的。使得现行税制中扣除额的设计不仅没有起到照顾低收入者的作用，反而成为避税的重要途径。
我国现行个人所得税有11个应税所得项目，不同项目的扣除费用与税率不同，因此，相同数额的不同项目所得的税负不同。实际工作中，由于各种复杂情况的存在，使得有些所得之间的界限比较模糊，纳税人可以在不同的项目之间进行收入转移，避重就轻。在现阶段个人收入不具透明性的条件下，这种方式的避税更是轻而易举。另外，我国个人所得税的征收主要采用源泉扣缴并根据不同所得分别规定了按年、按月综合计算和按次单项计算，如对于劳务报酬所得、特许权使用费所得、稿酬所得等按次纳税的项目，如果分解这些收入，化整为零，使大部分收入低于免征额，就能不纳税或少缴税，从而达到合法避税。
（四）不利于提高公民的纳税意识
