第二、税率设计与结构的失衡。从各国的税法实践看，大多数国家对综合收入采用累计税率。而对不列入综合收入计征的专项所得项目，按照所得的性质采取差别比例税率征收。20世纪80年代中期以来，受供给学派税收理论的影响，以美国税制改革为开端，西方发达国家相继进行了以降低税率，减少累进级次，扩大税基为主要内容的改革，目前这一趋势已波及到一些发展中国家。而我国目前的个人所得税税率,存在不少问题。比如，超额累进税率分类太多,过于复杂，连同个人独资和合资企业投资者征收个人所得税一起，实际上包括四大项，而且税率设计也不一致；对工薪所得的税率设计档次过多，边际税率过高；比例税率的设计与加成、减征以及费用扣除上配套不严密，产生了税负不公、计算复杂的问题，表现较为突出的是在劳务报酬和稿酬所得上。
第三、税收待遇不公平，费用扣除不合理。我国《
个人所得税法》中不公平的差别待遇主要体现在三个方面：一是工薪所得与劳务报酬所得同为勤劳所得，却实行差别待遇；二是对工资、薪金所得采用5％－45％的超额累进税率，利息、股息、红利、财产租赁、财产转让所得等非勤劳所得采用了20％的比例税率，前者的最高税率大大高于后者，不但会影响按劳分配原则的实施，且会导致税负不公平；三是对同为非勤劳所得的股息、红利课税，而对国债和金融债券利息免税，有失公平。比如，目前我国个人所得税的费用扣除，分别按不同的征税项目采用定额和定率扣除两种办法。一类是工资、薪金所得等,采用定额扣除,每月扣除800元；另一类是劳务报酬、稿酬所得等,采用定额和定率相结合的办法。这种扣除方法，一方面造成计算上的繁琐，给征纳双方都带来计算上的困难；另一方面，费用扣除标准的规定对纳税人的各种负担考虑不充分,对净所得征税的特征表现不明显。而且，随着教育、住房和社会保障等领域改革的不断深入，个人负担的相关费用也将呈现出明显的差异。而现行税制并没有充分考虑每个人所面临的各种负担，自然就不能将不反映税收负担能力的部分进行合理的扣除,因而也不能真正按照纳税人的负担能力，贯彻税收的公平原则。而现行对工资收入实行800元的扣除标准已经明显偏低。实际上许多地方已自行将扣除标准提高到了1000元或者1400元甚至高达1600元。这种做法虽为权宜之计，但却破坏了税法稳定性和权威性，应当予以完善。
第四、征管手段较落后。我国目前实行的代扣代缴和自行申报两种征收方法，申报、审核、扣缴制度等都不健全，征管手段落后，难以实现预期效果。主要表现在：自行申报制度不健全。我国目前还没有健全的、可操作的个人收入申报法规和个人财产登记核查制度，加之银行现金管理控制不严，流通中大量的收付以现金形式实现，致使税务部门无法对个人收入和财产状况获得真实准确的信息资料，许多达到征税标准的纳税人可以轻易地逃避纳税义务；二是代扣代缴难以落实。
个人所得税法规定负有扣缴义务的单位或个人在向纳税人支付各种应税所得时,必须履行扣缴义务，并做专项记载以备检查。但在实践中并没有一套行之有效的措施加以制约和保障，使税法的相关规定难以落实。
