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4、责任免除的限度额
由于采用资本多数决的股东大会特别决议存在一定的局限性，同时为了确保责任制度在抑制违法方面的作用，修改法的另一个突出特点是规定了责任免除的限度额（同第7项）。即设定一个扣除金额，股东会或董事会只能就超过扣除金额以上的赔偿责任，通过决议决定是否予以免除。因此，当董事所负担的赔偿金小于扣除金额时，该董事必须全额支付赔偿。但这里最主要的一个问题是以什么标准确定扣除金额，这也是学术界及立法部门一直存在争议的问题。在上述《纲要》及《修改案》中，都将扣除金额设定为董事两年的报酬。但是由于考虑到报酬的范畴比较模糊，在公司规定的报酬之外，董事的实际收入还可能包括比如退职慰问金、奖金、兼任公司职员的收入以及从股票期权中获得的收益等多个方面。因此，修改法最终作出了如下规定：即扣除金额应包括以下三项内容：（1）报酬，即以董事在任职期间包括奖金、兼任公司职员的收入在内的从公司获得的年度最高报酬为基准，针对不同的董事类型，分别以董事长的六年报酬、一般董事的四年报酬和独立董事的两年报酬来确定；（2）退职慰问金等；（3）从股票期权中获得的利益。这里之所以对不同类型的董事在扣除金额计算上采取不同的确定标准，是考虑到不同类型的董事在报酬金额以及责任分担方面存在着很大的差别，统一确定会产生不公平的结果。
5、对股东权益的保护
由于董事会内部董事间存在着特殊的利害关系，因此由董事会决议免除董事责任，可能会因彼此间的相互庇护，而直接产生损害公司及全体股东利益的结果。为此，修改法规定：（1）在公司向股东会或董事会提出免除董事责任的议案之前，首先必须经公司全体监事的同意；（2）在责任免除的议案被通过之后，公司有义务立即将相关事项通知全体股东，并进行公告，以接受股东及社会的监督；（3）对于董事会作出的免除董事责任的决议，公司还必须在公告和通知中就股东对董事会决议提出异议的方式和期间作出详细说明。对于股东的异议期间，修改法规定不得少于1个月。在此期间内，如果持有公司3％以上表决权的股东对董事会的决议提出异议，则董事会即使得到公司章程的授权，也不能免除董事的损害赔偿责任（同第16项）。
6、对独立董事的特别免除方式
近几年，从完善公司治理机构出发，为确保公司经营健全稳定地发展，强化公司内部监督机制，大陆法系的许多国家均借鉴英美法的经验，引入了独立董事制度，日本也不例外。新商法不仅明确了独立董事的定义及其权限，对独立董事的责任及责任免除也作出了特别的规定。考虑到独立董事与一般董事的区别，修改法规定：公司和独立董事之间，可以按照一定的程序，预先签订一份将独立董事对公司的损害赔偿责任限制在一定限度内的合同，即“责任限定合同”（同第19-23项）。该合同成立以后，如果独立董事因善意、无重大过失的职务行为而给公司带来了损失，既不需要通过股东会决议，也不需要通过董事会决议，可以直接减轻该独立董事的损害赔偿责任。
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