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但是，虽然日本的立法者通过上述规定保护了股东代表诉讼中股东的单独起诉权，但是50多年来的实践也证明了这项制度存在着许多问题。第一，在股份大众化，分散化的当今社会，如果需要征得公司全体股东的同意才能免除董事的责任，实质上无异于排除了大公司董事对责任免除制度的适用。第二，从大公司的经营特点来看，董事的决策失误给公司带来的损失往往较为巨大，而相对于该董事们从公司所获得的报酬而言，完全赔偿这些损失有时是不可能的，而且对于董事个人来说也是不公平的。第三，在有些诉讼中，当事人双方通过协商达成和解的情况也并不少见。但是，由于和解的结果常常会减轻被告的一部分赔偿责任，此时如果仍以全体股东同意为要件，那么诉讼中的和解将变得非常困难 。第四，对于按照母公司的指示执行业务的全资子公司的董事来说，当其业务行为给公司带来损失时，如果公司的全体股东（母公司）同意，子公司董事的任何责任均可以得以免除，这是否超出了责任免除制度的范畴？第五，该制度自1950年实施以来，到1993年四十几年的时间里，日本各级法院所受理的股东代表诉讼案件总共才只有43件。可见，影响股东代表诉讼有效利用的原因与董事责任免除制度的严格与否并没有什么直接的因果关系。第六，一般认为，公司与董事的关系是基于民法上的委任关系。按照民法中委任的有关规定，只要本人同意无论事前还是事后都可以免除受任人的责任，而在公司中本人的意思原本由多数股东的意见来决定，因此，对免除董事对公司的责任设置更加严格的要件，缺乏足够的理论根据 。
2、1993年的商法修改及其带来的影响
如上所述，由于长期以来追究董事对公司责任的代表诉讼制度在日本并没有得到广泛利用，因此虽然日本旧商法中的董事责任免除制度存在着种种问题，但并没有被充分表现出来。而从1993年日本各地法院所受理的股东代表诉讼案件来看，无论提起数量、还是诉讼标的额都相对比较小，这都不足以令立法部门重新考虑董事责任免除制度的重要性。但1993年的商法修改，将长期制约股东代表诉讼制度的诉讼手续费一律统一为8200日元（商法第267条第4款）；另外，股东胜诉时还可以向公司请求偿还所需的调查及诉讼费用（商法第268条之2第1款）。这一修改大大减轻了股东的负担，股东代表诉讼的数量在随后的几年里出现了大幅度增加的现象 。这种现象的出现，从某种意义上说，实现了立法者增强股东对公司经营的监督意识，强化董事责任的立法目的。但同时，任何股东都可以简单地提起代表诉讼，不仅给公司经营者带来了巨大的威胁，而且也大大增加了滥用代表诉讼制度的可能性。因此，如何防止股东代表诉讼的滥用，维护公司经营的健全稳定发展，完善公司治理结构又成为日本立法界的新课题。
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