在环境行政公益诉讼中，对被诉的行政行为当然应由被告行政机关承担举证责任，这与普通的行政诉讼并无差异。同时，行政法规、规章及相应的规范性文件数量之多、内容之繁杂，考虑到双方利益之均衡和依法行政之要求，也应由被告行政机关承担提供法律法规及规范性文件的责任。对被诉行政行为以外的其它有关程序上的事实或有关民事上的事实等，仍需遵循环境民事公益诉讼举证责任分配之要求，实行举证责任的倒置。此外还需注意，在法定的可适用行政公益诉讼的几个领域内，可以在相关的实体法中对实体意义上的说服责任之分配分别加以规定，使举证责任在不同的领域中得到不同特点的配置。[17]
（四）环境公益诉讼费用的承担及对公益诉讼原告的奖励
在环境新型侵权案件中，由于其牵涉面较大且涉及众多复杂专业知识与技能，原告即便履行其较轻的举证责任也需花费极为昂贵的诸如高科技术鉴定使用费用，往往为一般组织与个人难以承受。如果仅因诉讼费用而拒原告于法院大门之外，这无异于迫使民众放弃对环境公益的保护请求。所以，我国应吸纳他国的做法，适当减轻民众提起环境公益诉讼所需费用，在立法上，对诉讼费用的负担作出有利于原告的规定。如在法国，当事人提起越权之诉时，事先不缴纳诉讼费用，败诉时再按规定标准收费，数额极为低廉。这种诉讼费用分担方式有利于保护公众提起环境公益诉讼的积极性，可供我国借鉴。
同时，每个人是自身利益的最大维护者，公共利益与自身私人利益相比较，较少为公民、法人或其它组织所“青睐”，加之，提起环境公益诉讼可能要花费大量时间、金钱与精力，为一般民众所不愿。环境公益诉讼的原告主要是出于对美好环境和和谐环境秩序的需要，为了鼓励与保护他们的这种“热心”，原告在胜诉后应得到国家奖励。如美国的《反欺骗政府法》规定，败诉的被告将被处以一定数额的罚金，原告有权从被告的罚金中提取15-30%的金额作为奖励，这一规定对我国也不无借鉴意义。
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