“国民待遇原则”是指“世界贸易组织成员各方应相互保证给予各方的自然人、法人和商船等在本国境内享有与本国的自然人、法人和商船等同样的待遇。”这一原则起初并未受到任何冲击、执行起来也并无困难。但随着环境保护的兴起，WTO赞同了MEAS所要求的“环境友好型物质生产过程和生产方法”，这让“国民待遇原则”很难落实这一要求。因为，基于“国民待遇原则”，“环境友好型物质生产过程和生产方法”就应同等的适用于国内外产品，这就产生了表面上与“国民待遇原则”相符而实质上却背离的矛盾。
　　我们用一个简单的例子来理解这一原理。如，MEAS的工艺就要求在清洗计算机元件时，不能用氟利昂进行，这样，当WTO同意这一原则时，其成员国A就不再使用了，那么基于“国民待遇原则”，其他成员国的产品也同样不能使用氟利昂进行清洗，但问题就在这里出现了。当成员国B用了氟利昂清洗了计算机元件所制造的计算机产品，而A国未使用污染物氟利昂清洗计算机元件制造的是与B国同样的产品（结果性能一致，只不过操作工序不同），如果A国允许其本国生产的计算机产品在其境内流通，那么，按照“国民待遇原则”，它也应当允许B国的同类产品在本国流通。但是，由于B国的产品是没有达到环境保护要求的，因而，结果是B国的产品无法在A国流通，最终造成了表面上符合“国民待遇原则”，但实质违反的结局，因为无论工艺如何，两国的终端产品是一样的。由此看出，“国民待遇原则”与MEAS所要求的“产品生产过程和生产方法应有利于环境保护”的原则是有潜在冲突的。
　　3、WTO中“禁止进出口数量限制”制度与MEAS的要求不协调
　　WTO原则上是“禁止进出口数量限制”的，只是认为，除非出于“必需”，不得限制，因而，只有在确实看出交易会有损于环境时方可限制。但环境公约却是对任何可能造成的损害都要求加以限制。如，1973年《濒危野生动植物物种国际贸易公约》中第二条就规定，“对所有受到和可能受到贸易的影响而有灭绝危险的物种的贸易必须加以特别严格的管理，……。”这种限制包括可能在内，与WTO所要求的必须有“确实的危害而不是可能的危害”相互冲突，需要解决。
　　此种冲突的案例主要是两起“鱼案”。
　　一是美国禁止进口长鳍金枪鱼案，加拿大就美国的这一措施诉诸关贸。美国称其禁止措施是为了保护可用竭自然资源之举，属一般例外的第7项，“与国内限制生产与消费的措施相配合，为有效保护可能用竭的天然资源的有关措施”。但专家组认为，美此举违反总协定第11条关于不得实施进口限制的规定，长鳍金枪鱼确属可用竭的自然资源，但是一般例外第7项要求保护该资源的措施，必须与管理限制与消费该资源的措施相配合；美国禁止从加拿大进口长鳍金枪鱼，但是对本国捕获此鱼并不限制，故美国的行为不可以援引一般例外第7项，必须遵循关贸协定关于禁止进出口数量限制的规定。

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