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总之，随着技术的日益成熟，全球生物芯片行业将迎来新的跨越式发展阶段。我国生物芯片行业也将快速崛起，逐步培育一批在全球有较大影响力的优秀企业。
二、生物芯片行业的专利竞争格局
随着新技术、新产品的日益成熟，骨干企业之间会陆续发生一些专利纠纷。这些纠纷将推动骨干企业评估彼此的专利实力，促进企业之间的合纵连横，最终通过诉讼和解协议产生一些新的科研、技术、专利联盟。在生物芯片行业，这种专利纠纷高潮已经出现，并且绝大部分已经以和解结案。例如，1997年以来，欧美地区爆发了数十起生物芯片专利纠纷，并且几乎全部案件已经以和解结案：1997年，Hyseq公司诉Affymetrix公司侵犯其四个美国专利。两年后，它又用另外几个专利控告Affymetrix公司的生物芯片侵权。后者则用自己的三个生物芯片技术专利对Hyseq公司提起侵权诉讼。1998年，Affymetrix公司用两个微阵列芯片专利、一个基因差异性表达技术专利控告Incyte基因组公司专利侵权。后者则用两个RNA增强技术专利控告Affymetrix公司的生物芯片产品侵权。不久，Affymetrix公司又用另外两个微阵列芯片专利继续控告Incyte基因组公司侵权。1999年，牛津基因技术有限公司起诉Affymetrix公司专利侵权。这标志着欧美两大生物芯片巨头之间也爆发了专利战。2004年，牛津基因技术有限公司又用微阵列基因芯片专利控告Mergen有限公司侵权。以上案件已经全部以和解结案，产生了一些科研、技术、专利联盟。
当然，也有个别案件进入了胶着状态。例如，2004年，Affymetrix公司用五篇美国专利控告Illumina公司的生物芯片产品侵权。2007年，位于美国特拉华州东北部威尔明顿市的联邦地方法院裁定被告侵权，要求其赔偿1670万美元。被告正准备把案件上诉到美国联邦巡回上诉法院。此外，生物芯片技术也包括生物信息统计方法。在生物信息统计方法领域，国际自动化系统公司也发布了将对一些著名企业提起专利侵权诉讼的消息。总之，全球生物芯片领域已经爆发不少专利纠纷。在推动相关企业开展科研、技术、专利合作的同时，它也极大地推动了该领域的专利部署。除了专业公司，很多半导体、电子、信息、软件技术巨头，以及很多大学、科研院所等也在积极部署相关专利。
三、生物芯片行业的专利部署态势
（一）延续半导体芯片时代的“专利丛林”部署态势
在半导体芯片领域，各国企业部署了数十万篇专利文献，使该领域出现了密集的“专利丛林”。在这个“丛林”中，专利不但覆盖了所有的“空地”，而且在某些“空地”上可能有多个专利发生密集的交叉、重叠。生物芯片的专利部署延续了这种态势。例如，Affymetrix公司的GeneChip产品受如下软件专利保护：US5733729、US5795716、US5974164、US6066454、US6090555、US6185561、US6188783等。GeneChip扫描仪受如下专利保护：US5578832、US5631734、US5834758、US5936324、US5981956、US6025601、US6141096、US6171793、US6185030、US6201639、US6207960、US6218803、US6225625、US 6252236、US6335824、US6403320、US6407858、US6472671、US6490533等。GeneChip流射平台受如下专利保护：US6114122、US6391623、US6422249等。尽管如此，由于其他企业独立开展专利抢注，一些互补、交叉、重叠的专利部署现象时有发生。也就是说，每个Affymetrix专利很难排他性地覆盖“专利丛林”中的一片领地，其他一些公司的专利也在不断地把“枝杈”、“根叶”伸展到它的领地。Affymetrix的专利集合也很难覆盖特定领域的全部必要技术。因此，Affymetrix公司的产品虽然有大量知识产权保护，但是它不可能彻底摆脱专利风险。鉴于此，它积极检索、分析自己的专利部署漏洞，通过抢注、购买专利来持续扩大其专利竞争优势。目前，Affymetrix公司在全球提交了数以千计的专利申请。在我国，Affymetrix公司及其下属企业也部署了不少专利申请。保护其核心技术发明的中国专利文献主要有：01804139、02809262、02824884、02825717、02825719、03817252、200380103082、200380106045、200480001999、200480013117、200480019105、200610073721、200510009558、200510119374、200510119375、200510124689等。随着大量PCT申请陆续进入我国，Affymetrix公司更多的核心技术也将在我国专利公报中发表。
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