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2、确定不同性质诉讼程序的独立性
强调诉讼的关联性以及审理问题的交叉是当前有关登记诉讼争论的核心。而在形式审查的标准下，有关登记合法性认定标准的独立性恰恰否定了登记争议的行政诉讼与民事诉讼之间的关联性，否定将登记行为合法性审查的行政诉讼作为相关民事争议裁决的前提，从而强调有关登记的不同性质诉讼在裁判程序上的独立性。
（1）登记行为的合法性审查为民事争议审判前提的否定
在司法实践中，许多人认为登记行为同其他具体行政行为一样具有公定力，即未被法定机关依照法定程序撤销之前一律推定有效或假定有效。同时，当事人之间的民事争议最终必须借助于民事诉讼解决，但民事诉讼不能裁判登记行为的合法性，因此，在民事诉讼之前，必须通过行政诉讼对登记行为的合法性进行认定，否则就有可能造成民事裁判的结果与行政登记的内容相冲突，从而造成内容矛盾的民事判决与行政机关有效登记的并存。因此，“法院在审理民事案件中，如发现民事主体的意思表示以某个行政行为为前提，也应作出相应处理。如果认为该行政行为合法的，就应按该行政行为的要求作出判决结案；如果认为该行政行为存在违法嫌疑的，就应作出裁定中止审理，告知当事人先行解决行政纠纷” 。从而主张登记行为的合法性审查应为民事争议裁决的审判前提问题。
然而，基于形式审查的原则，登记机关在核准登记时对申请材料实质内容的真实性合法性本身并未作出判断，申请材料的真实性合法性并未因登记行为的作出而产生公定力。在相关的民事诉讼中，这些登记材料也只能作为一般证据材料经当事人质证后由人民法院认定，并不因为相关的登记未被撤销而直接成为民事诉讼的定案证据。加之行政诉讼审查范围的有限性，行政诉讼中无论是判定维持行政登记抑或撤销行政登记，均不意味着法院对民事争议作出判断，因此，登记本身的存在并不构成对民事裁判的制约。如果法院通过民事诉讼程序对有关民事争议的裁判结果与登记机关的登记内容不符，应当肯定司法对民事争议的最终裁判权，利害关系人可以持生效的民事判决向登记机关申请变更或者撤销登记。
（２）强调附带诉讼的不兼容性
由于审查重点与诉讼功能有别,审查登记行为合法性的行政诉讼与解决民事争议的民事诉讼之间不具兼容性,原告在行政诉讼中胜诉,并不意味着他一定能在民事诉讼中赢得实体权利，反之亦然。因此，“在行政诉讼中, 不存在附带诉讼的基础, 不存在行政诉讼附带民事诉讼的可能性; 如果把某些行为的审查归为行政诉讼附带民事诉讼, 则因为这两种诉讼制度存在的本质差异导致行政诉讼和附带诉讼都没有效率, 或者产生其他不良的影响。” 因而，无论在学理上还是制度上，将行政附带民事诉讼作为解决登记行为诉讼交叉的方式均是不可行的。
（二）确保登记效力的相对稳定，限制司法撤销权的行使
当前，以形式审查为审查原则，以公信力为效力核心，成为我国登记制度改革的趋势。如前所述，形式审查义务意味着登记内容真实与行为合法的分离，而公信力则体现为登记效力的相对稳定性，限制了对已作登记的效力否定，反映在诉讼中体现为对司法撤销权的制约，这使得有关登记的行政诉讼中，法院的裁判方式需要更为审慎。
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