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另一方面，实质审查义务又使得登记的真实性与合法性、有效性相统一，这意味着登记权属与实际权属不符即为违法，违法即为无效。从登记的效力而言，这是一种更为严格的标准，但由于严格的责任需要配置更多的权力去履行，在今天淡化登记行为的行政属性的改革中，登记机关实难履行此项审查义务。加之阶段性认知的有限性，如果事后有效证据证明登记权属与实际权属不符，则势必产生对已有登记效力的否定，从而造成追求登记内容真实的目标同公信力所要求的稳定性之间的冲突。
上述冲突在登记诉讼中体现为有关司法撤销权行使的分歧，出于公信力的保障，必然要求限制法院对登记撤销权的行使，而立于实质审查义务的角度，登记权属与实际权属不符即为违法，撤销违法登记则为司法程序的必然结果。
（四）登记功能与性质的错位——有关诉讼交叉认识分歧的根源
如前所述，实质审查义务造成对登记属性与功能认识的错位，从而将登记行为异化为行政裁决，使其具有准司法职能。这使得登记程序中登记机关的审查义务与民事诉讼中对利害关系人之间民事争议的裁判内容在实质上等同起来，这也意味着有关登记行为合法性审查的行政诉讼与登记利害关系人之间的民事诉讼不仅互为关联，而且内容重合。基于这种认识，许多学者认为在利害关系人对登记权属存在争议的情况下，通过行政诉讼审查该登记行为的合法性与通过民事诉讼解决登记利害关系人之间的民事争议之间互为牵连，并提出以行政附带民事诉讼作为解决该诉讼交叉的方式。
另一方面，如果还原登记的非表意性，登记仅具有公示功能并不承载实质裁决义务，因此，其是否合法应当具有独立于登记内容真实性的判断标准，这一标准使得行政诉讼中对登记行为合法性的认定具有相对于民事裁判结论的独立性。而这种独立性恰恰否定了有关登记争议的行政与民事诉讼的关联性，否定将登记行为的合法性审查作为相关民事争议裁决的前提。
因此，有关登记性质与功能的分歧直接导致对涉及登记的不同性质诉讼的关系理解不同，即在诉讼程序上是否认同登记的合法性审查与民事裁决之间具有关联性，以及是否认为民事争议的裁决必须以行政诉讼中登记的合法性审查结论为前提。
四、立足于现行制度协调诉讼程序的权宜之策
（一）立足于登记机关的审查义务，明确不同性质诉讼的独立性
1、厘清行政诉讼裁判内容的独立性
行政诉讼的目的在于审查具体行政行为的合法性，而判断一个具体行政行为是否违法的标准应当是该行政机关的法定义务，因此，在对登记行为进行司法审查时，审查的核心应当是登记机关是否尽到法律规定的审查义务。
从我国登记机关目前推行提高登记效率的窗口式审查的原则下，相对人申请登记的权利事项的取得是否合法, 相关事实是否真实, 权利是否存在争议等均不在审查之列，只要登记事项形式上符合法定条件, 即应予以登记。相应地，有关登记行为的司法审查理应以此作为被诉行为合法性审查的判断标准。这意味着登记行为是否合法应当具有独立于登记内容真实性的判断标准，这一标准使得行政诉讼中对登记行为合法性的认定具有相对于民事裁判结论的独立性。即无论登记的内容与实际状况是否一致，都不足以说明登记行为本身的合法与违法。
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