（一）学理性质与实际制度的冲突——登记行为可诉性分歧的根源
在我国，登记的行政化导致了学理与实际制度之间的冲突，从而造成理论界有关登记行为性质的诸多分歧。有人从实然的角度，将登记行为视为一种特殊的行政行为，以是否影响利害关系人的权利、义务为标准，肯定登记行为在行政诉讼中的可诉性；有人则从应然的角度来理解各类登记行为的属性，单纯以是否表意，以及是否属于法律行为为标准，认为登记并不为相对人设定任何权利义务，其作用只是在相对人的民事权利上叠加了一层官方认可的色彩，而民事权利的取得、变动等效果并未因登记而变化。从而否定行政诉讼中登记行为的可诉性。上述观念上的不统一正是造成实践中有关登记行为的可诉性分歧的根源。
（二）审查标准的不统一——登记行为合法性界定模糊的根源
虽然我国名义上奉行全面审查主义，但从实际情况看，登记主管机关自身的管理力量和水平决定了它根本无法对每一个登记申请从完备性、有效性到真实性、合法性进行全方位的审核和把关，难免造成法定审查义务与实际履行义务之间的冲突。因此，固守全面干涉的实质审查标准显然是不现实的，改革应是一种必然，2005年12月18日修订的《
中华人民共和国公司登记管理条例》以及刚刚审议通过的《
物权法》等一系列新规范的出台与酝酿正是这种趋势的体现。值此改革过渡时期，呈现出新旧两种观念与制度的交织。改革的意图以及登记机关所实际承载义务的现状表明无论是应然还是实然意义上都在向形式审查标准靠拢，但在行政诉讼中，涉及登记行为案件的处理仍基于实质审查标准（即以登记内容的真实、有效为标准）对登记行为的合法性进行认定，如在吴幼定诉上海市房屋土地资源管理局房产登记案中，一二审法院均认为：“市房地局在未对同住成年人同意以孙才娣的名义购买该公有住房的意思表示的真实性予以充分审查的情况下，向孙才娣核发了上海市普陀区黄陵路200弄25号601室房屋的房地产权证，属认定事实不清，主要证据不足”，作出撤销原登记行为的判决。 崔崇高与高绯房屋行政登记纠纷上诉案 ，陈玉香与上海市房屋土地资源管理局房屋行政登记纠纷上诉案 中也体现出这种实质审查标准的适用。这种不统一造成登记行为合法性界定标准的不明确，究其根源在于转型期新旧制度的交杂与观念的模糊。
（三）效力制度与目标追求之间的冲突——有关司法撤销权行使分歧的根源
公信力是登记效力的核心，也是登记作为一种公示行为的效力基础。然而在我国现行登记制度中，登记的公信力保障与追求实质真实的审查目标之间存在着必然的冲突。
一方面，实质审查义务决定了登记的效力应当具有更强的公信力，这种公信力体现为登记效力的相对稳定性，限制了对已作登记的效力否定。这种公信力反映在诉讼中体现为对司法撤销权的制约。如根据德国法的规定，为保障登记的稳定性免受上诉法院判决的影响，对登记内容存在异议时，受侵害人只能通过异议登记或主张土地登记簿更正请求权来进行防御，但对登记本身不得提起上诉（《土地登记条例》第71条） 。因此，申请人的申请一经记载于登记簿,则登记簿上所记载的权利,即便与真实权利不相符,该登记亦不会被撤销或宣布为无效。
