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大理寺是中央最高复核案件的机关。主要负责：审理中央百官犯罪；审核地方上报的重案（死刑应交大理寺审核）；审理发生在京师的笞杖刑以上案件；处理地方上诉案及秋审事宜；主持司法行政与律例修订事宜。复核死刑案件，平反冤狱，同时参与秋审、热审等会审，如发现刑部定罪量刑误，可提出封驳。其设卿为长官，设少卿为副官，俱满汉各一人。下设堂评事，司务厅司务，左右寺丞等属官，除堂评事由满人专任外，其他皆由满汉分任。大理寺卿主掌案件的复核驳正，平反冤狱。大理寺少卿辅佐之。（22）
都察院是中央最高监察机关，主掌监察，但亦参加重大案件的审判。其设左都御史为长官，满汉各一人。设左副都御史为副官，满汉各两人。下设十五道监察御史和六科给事中，负责监察地方和六部。（23）从清代司法官员的编制上看，满人多居正要之职，其意在遏制汉人执掌政权。
（二）地方司法机关的沿革
战国时期，随着社会的进一步开发，各地人口迅速增多，各国相继推行郡县制度。郡县制与分封制完全不同，其长官由国君直接任免，仅代表国家行使管理职能，并领取俸禄报酬，不再享有世袭特权。郡守、县令或县长作为地方郡县行政长官，同时兼理司法审判事务。县令或县长以下分设县丞、县尉、御史等官吏，协助处理民政、军事、司法等事务。这种地方行政机关兼掌诉讼审判职能的司法制度，在此后的中国沿用了二千多年，一直到清末法制改革后才宣告结束。
在县级机构以下，还建立有乡、里、聚、邑等基层组织。乡设三老、廷掾，里有里正，负责民间治安秩序、缉捕贼盗、裁决争讼等。有的国家还将民众编为什伍组织，每五家一伍，十家一什，互相监督连保，确立了一整套从上到下的君主专制中央集权的司法管理体系。
秦朝沿袭战国以来确立的地方行政长官兼理司法的传统，实行行政机关与司法职能合一的制度，各地不另设专门的司法机构。秦朝实行郡、县两级制，郡守、县令或县长兼理司法。下面分置郡丞、县丞，协助处理司法事务。各地的一般案件，可由郡、县官府自行审理判决；死刑或重大疑难案件，则上报廷尉审核裁决。县下设乡，乡置啬夫负责民间辞讼，游徼巡察禁奸、缉捕贼盗。乡里不能裁决的案件，要上报县，由县令、县长及县丞负责受理。
汉初，郡县制与分封制并存。分封制下的封国拥有相对独立的审判权，由其内史负责司法。汉景帝时，封国的权利逐渐被削弱，诸侯王不得再治理封国。封国的审判权遂被剥夺。（24）
西汉时，地方仍实行行政长官兼理司法的制度，其行政司法机关有郡、县（道）二级。县以下设乡，乡有三老，选年高有德者，调息争讼，体现汉代德主刑辅的法制思想。东汉时地方司法机关，从灵帝中平五年（公元188年）起，划为州、郡、县（道）三级。（25）州由州牧审理郡、县的上诉案件。郡由郡守兼理司法，并设决曹掾及决曹史专理司法。县由县令兼理司法，并设县丞专理司法。
三国两晋南北朝时期地方仍沿汉代旧制，实行行政与司法不分、行政机关兼理司法审判事务的体制。从东汉末年起，州由原来中央划定的地方监察区域变为一级正式的地方行政机构，地方司法审级增加为州、郡、县三级。
司法权由州刺史、郡太守、县令掌握。江南各代重视京畿地区司法职能，赋予其与中央同等权力。如梁朝在建康设有与廷尉属官相同的正、监、平三官。（26）并以廷尉寺、建康县为两大司法机构，称廷尉寺为北狱，建康县为南狱，并置正、监、平。（27）
此时战事频繁，地方长官可以“军法从事”为借口擅杀部属平民，而不受通常司法约束。南朝宋曾限定军官“非临军战阵，一律不得专杀”，（28）违者以杀人论，陈时也有“将帅职司军人犯法，自依常科”（29）的规定，但大多流于形式。
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