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宋代为了加强对司法活动的控制，在强化刑事案件的复核之外还赋予了行政机构复核刑事案件的职权，使得宋代的行政干预司法显得更为的突出。宋代的专职司法复核机构有一个变化与复归的过程。宋代初是将刑部作为专职的司法复核机关，且为了加强刑部的复核职能，于太宗淳化元年（990）年在刑部增设“祥复官五元，专阅天下所上案牍，勿复公遣鞫狱” 。但是随着淳化二年（991）为了防止“刑部、大理寺吏舞文巧诋”，于刑部外又专门设置了一个复核机关即“置审刑院于禁中”，到淳化三年（993）下诏规定“大理寺所祥决案牍，即以送审刑院，勿复经刑部祥复”，至此到元丰改制期间刑部丧失了司法复核职能。元丰改制后又将司法复核职能归属于刑部，恢复了刑部祥议、祥复职能，到宋代终结没有大的变化。在专职的司法复核机构外，宋代的某些行政机关具有复核刑事案件的职能，这与宋代的国家机构设置有关，在宋代中央的最高行政机关中书门下和最高军事行政机关枢密院（号称“二府”）都位居司法机关之上。对于司法机关不能断决的疑难案件以及用刑不当的案件，中书有权对之进行审判或决定对案件的用刑，尤其是对于军人反大辟罪的案件必须经枢密院复核审定。通过这些规定，宋代加强了行政机关对司法的干预，这在宋代的司法活动中具有明显的特色。宋代的司法机关不断扩大，呈现出职权分散的特点。
元代中央不设大理寺，刑部作为司法行政机关，除掌管刑名律令的拟议、刑具狱政的管理等外，还负责死刑案件的复核、冤讼疑罪的审辨、系押囚徒的谳录等诉讼审判事务。作为行政系统的刑部，至元代完全取代了司法裁判系统，这从职掌可见。自此，沿革千余年的相对独立的司法系统已归并于行政系统，这是自秦汉以来司法体制的重要变化。中央和地方的行政兼理司法，极易导致司法腐败，这一弊端至明清时愈加明显。
5、明、清中央司法机关
明朝的中央司法机关是刑部、大理寺、都察院，合称三法司。（17）三法司互相合作又互相制约，共同对皇帝负责。继元朝之后，明朝的刑部已由唐宋时期的案件复核机关，变成了案件的审判机关。刑部设尚书为长官，设左、右侍郎为副官，设十三清吏司之郎中、员外郎、主事等为属官。刑部尚书主管天下刑名，刑部侍郎辅佐之。刑部十三清吏司则各掌其分管之地区的刑名。（18）
大理寺曾被元朝废除，至明朝始被恢复。明朝重设的大理寺已由唐宋时期的案件审判机关，变成了案件复核机关，掌复核驳正，发现有情词不明或失出入者，驳回刑部改判，并再行复核。如此三改不当者，奏请皇帝裁决。。大理寺设卿为长官，设左右少卿、左右寺丞为副官。大理寺掌天下案件的复核驳正，大理寺少卿和左右寺丞辅佐之。（19）
明朝的都察院由原御史台更名而成。其主掌监察，但亦参加对重大案件的审判，并对刑部、大理寺实行监督。（20）
明代三法司的设置一定程度上体现出职权的分离和相互制约的特点。问题是大理寺对都察院审理的案件加以驳正，都察院反过来又对大理寺的复核进行监督，二者的职权有所冲突，可能影响审判效率。明代的会审制度可谓发挥到极至，三司推事、九卿会审、会官审录、朝审、大审、热审，体现出中央集权的空前加强和皇帝对司法机关审判的过分干预。
清前中期沿袭明制，中央司法机关仍为“三法司”。刑部是中央最高审判机关，为六部之一。其设尚书为长官，设左右侍郎为副官，俱满汉各一人。下设十七省区清吏司和督捕清吏司之郎中、员外郎、主事等属官，由宗室、满洲、蒙、汉分任之。刑部尚书主掌“折狱审刑，简核法律”。刑部侍郎辅佐之。刑部十七清吏司各掌其分管之省区的刑名，督捕清吏司则掌追捕逃人。（21）
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