科学与伪科学有原则区别，这是没有疑义的。已于上述，科学具有客观性、理性、可检验性、逻辑自恰性和开放性等特征。与之相对应，一般来说，伪科学不具有客观性，其研究对象和内容不具有客观性，其探讨的往往是所谓的“不解之谜”或“神秘之物”；伪科学不具有理性，其方法论的核心是信仰，不尊重逻辑、数学和实验，主张“心诚则灵”；伪科学不具有可检验性，其回避、拒绝或经不起规范的科学实验的检验和内行专家的科学鉴定，是伪科学的本质特征；伪科学不具有逻辑自恰性，其既与已有的科学定律或公理相矛盾，理论内部又存在逻辑上的矛盾，并且没有预见性和消化反例的能力，这也是其与科学的又一原则区别；伪科学不具有开放性，其缺乏自我批判，拒斥合乎理性的外在批判，不与时俱进和开放进取，也是其与科学相区别的又一个重要标志。
　　虽然科学与伪科学有本质的区别，但是，两者也绝非是泾渭分明的，绝非就毫无共同之处或交叉重叠之处。科学与伪科学在一定程度上是容易混淆的，非如此，就没有对其加以比较、鉴别和辨析的必要。严格来说，知识领域从大的方面来说可分为（真）科学（即我们常说的或本文所说的科学）和伪科学（假科学），或分为（真）科学与非科学。前者是从真假（伪）的角度来说的。真与假既是绝对的，又是相对的。有的自己明知假科学，却偏偏要冒充为真，是为伪科学；有的确实为真科学，却被权势集团扣上假科学的帽子；有的其实就是非科学，因其与权势结合在一起，嗓门大就真理多；有的只是前（潜）科学、只是非系统的非科学、只是系统的非科学中的非伪科学，要么因其有缺点、要么因其不系统、要么因其非科学，往往被称之为伪科学。后者是从是否是客观事物的系统化的正确反映的角度来说的。客观事物的系统化的正确反映，总体来说是相对的。唯科学与反科学 、唯实论与唯名论一样，一个把科学看作是万能的天使，一个把科学看作是万恶的魔鬼；一个过分夸大人的认识能力，一个又过分贬低人的人的认识能力；一个认为只要是“科学”的就是正确的、有效的和崇高的，反之，“不科学”或“非科学”的就是错误的、无效的和低劣的。其实，号称科学的并不一定就真科学、就是正确的，反之，被冠上伪科学或非科学的，也不一定就是真正的假科学或错误的。
　　如果说，科学是真善美的统一，那么，伪科学就是假丑恶的混合。但是，真善美与假丑恶既是绝对的、又是相对的，在绝对的真善美与绝对的假丑恶之间，在绝对的科学与绝对的非科学或伪科学之间，实际存在着一个广阔的中间地带。只有那些明知是非科学，却偏偏自称为科学的科学，才是伪科学。前科学，就是未普及的、未成熟的科学，用库恩的话说，就是尚未形成共同范式的科学，这种前科学在最初可能因其不成熟甚至存在着错误而被人们当作伪科学。人们在认识客观事物时，有时会犯错误，这种错误认识不能叫作伪科学，如17世纪的“自然禁真空”理论、托勒蜜的地心说、前几年的室温核聚变等。有些假说还谈不上是科学，但也不能随意将其归结为伪科学，如经络存在假说、UFO假说、野人（雪人）假说、特异功能假说，即便经络、UFO、野人和特异功能真的不存在，只要对其研究的态度、方法大致是科学的，这种研究对于破除迷信，解除一些人的身心痛苦和精神威胁，普及科学知识，提高人们对未知探索的兴趣，是有重要意义的。

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