1、许可机关对许可申请人违法予以许可而给第三人带来损害的。
例如，给不符合条件的申请人发放许可证，可能致使第三人权益受到损害。如在教育局违法许可后，不符合创办“民办”学校条件的甲成立了某电视广播学校。在招收近千名学生后，甲携招生费潜逃，学生家长在无法找到甲的情况下，要求教育局赔偿。
行政许可法第六十九条规定，可以撤销对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予的行政许可，且被许可人的合法权益受到损害的，行政机关应当依法给予赔偿。但被许可人有欺骗、贿赂行为的，则不予赔偿（即被许可人基于行政许可取得的利益不受保护）。但该条款中并未确定行政机关是否应对许可第三人的损失承担赔偿责任。笔者认为，不论是上述哪一种情形，即不论被许可人是否有欺骗、贿赂行为，都不能完全免除许可机关对第三人的赔偿责任。
当然，许可机关在审查申请时，具体的法律法规要求是不同的，有的只要求许可机关作形式审查，对申请人提供的材料的真实性不负责；有的则要求许可机关做严格的实质性审查，即不仅要看其申请材料是否符合许可的形式要求，而且要核实其材料的真实性、合法性。如行政许可法第五十六条规定：“实施本法第十二条第五项所列事项的行政许可，申请人提交的申请材料齐全、符合法定形式的，行政机关应当当场予以登记。需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关依照本法第三十四条第三款的规定办理。”一般认为，在前一种不须实质性审查的许可中，许可机关不负赔偿责任；而在后一种“根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的”许可，则许可机关应当负起认真审查的责任，并对审查失误带来的损害结果承担赔偿责任。至于如何区分许可机关应作实质审查还是形式审查，则应根据具体的法律法规中的明确要求来加以判断。
2、许可机关不履行监管职责给第三人造成损害的。
虽然行政许可法明确规定行政许可是指根据公民、法人或者其他组织的申请，经依法审查，准予其从事特定活动的行为。但这一定义并不科学，它将“行政许可”限定于“准予”这一特定内容（不包括其他否定性的许可行为）及特定环节（只限于是否批准的过程，而不涉及许可之后的监管及撤销等行为）的行为。而实际上，我们从行政许可法所规范内容来看，其所指的许可行为已远远不限于“准许”，它包含了与准许相连续的申请、审查、颁发、变更、延期、撤销、废止许可证、执照等一系列行为的总和。因此，对许可行为的全面理解，应从广义角度出发，即应包括与是否“准予”行为相关的一系列行为在内，特别要包含许可之后的监管行为。对被许可人的监管应成为行政许可制度中的重要环节，如果许可机关疏于监管甚至不监管，必然使行政许可流于形式，而无法发挥作用，也无从达致许可的真正目的。以前，许可机关的监管责任不明确，一旦出现问题，难以追究相关机构和人员的责任。而由于不履行监管职责带来的严重后果则是有目共睹的，如重庆的“虹桥事件”。因此，行政许可法的创新之一正在于规定了许可机关对被许可人的监管责任，但遗憾的是，该法对不履行监管义务的许可机关是否承担赔偿责任则没有涉及。
