二十世纪八十年代以来的几次机构改革实践证明，靠人治的办法解决旧的行政管理体制(其本质也是人治)所遗留的问题，是不可能奏效的。从根本上解决当前行政管理体制中多头执法、多层执法的弊端，需要不断推进依法行政、依法办事的进程。这就需要按照公开、透明、规范、科学的要求，制定和完善中央和地方政府及其各部门的组织法，规范行政机构的设置，杜绝机构改革中因行政机构分类混乱和随意性带来的弄虚作假和变相增设机构等问题。具体来讲，在按照社会主义市场经济要求科学合理界定政府职能、建设有限政府的前提下，还要依法划分中央和地方政府的权限，并依法确定不同层级的政府应当设立哪些部门、各个部门又有哪些职责以及部门之间关系如何处理等事项。这些涉及行政组织的重大问题，绝不能因人而异，一个将军一个令，随着领导人的好恶而随意改变。为此，要按照十六大报告关于“实现机构和编制的法定化”的要求，尽快研究制定有关组织法，规范行政机构的设置。今后，改变现行的机构设置或者增设行政部门，都必须事先进行认真研究论证，广泛听取意见，特别是专家学者和人民群众的意见，明确了有关机构职权范围及执法的相应的法律草案之后，才能提请国家权力机关审议决定。
（三）实行职权法定。
必须尽快改变通过“三定”方案确定政府部门职能的方式，坚决地实行职权法定。首先，法律授予行政机关的权力必须详细具体，在此基础上，明确凡是法律法规未赋予行政机关的权力，行政机关都不得行使，凡是法律法规未禁止老百姓从事的事项，老百姓都享有相应的权利。其次，要摒弃以改革需要为名主张“突破”法律法规的法律虚无主义观念和做法，禁止行政管理部门超越法律法规规定自已给自己授权的行为。再次，对以前法律法规规定的行政管理部门行使的职责，要按照社会主义市场经济的要求重新审查，该归并的予以归并，该削减的予以削减，需要保留的也要按照
行政处罚法规定的相对集中行政处罚权制度，同一领域和同一事项，原则上只确定一个主管部门，做到职权配置合理化。最后，要改进行政立法工作，切实改变行政管理部门主导行政立法的局面，逐步实现由人大或者政府统一组织起草有关行政管理的法律法规草案，并按照《
立法法》规定实行公开立法，广泛听取其他国家机关、专家学者特别是社会公众的意见。同时，要逐步推行立法过程中的经济成本效益分析，加大法律法规的清理和修改力度，切实提高立法工作的质量。
