对专利权保护的过分强调，有可能会导致专利权的滥用，如禁止他人以合理的条件取得该药品专利的使用权，在许可合同中规定限制竞争等条件，从而垄断药品来源，阻滞信息传播，妨碍患者获得救命药品。因此，对药品专利实施强制许可或许是对专利权本性的一种矫正。不过，究竟应该怎样合理地运用强制许可而不致使药品专利这把双刃武器伤及任何一方，则是我们不得不需要慎重思考的问题。
（一）触动政治经济神经
启动药品专利强制许可不可避免地会触动政治经济神经。从上述几个方面的讨论不难看出，专利强制许可作为一种法律制度，其形成是国际社会政治、经济等多种因素综合作用的结果。事实表明，在
专利法发展的历史中，专利药物强制许可的案例很少发生，造成这种局面的主要原因可从两个方面得到解释。
其一，面对公共健康危机，实施强制许可并不一定是最佳的选择。实施药品专利强制许可可能带来诸多负面效果。发展中国家亦承认，在强制许可实施后，仿制药品的质量往往不及专利药品，容易延误对患者的治疗。此外，在一些国家存在的行政机构效率低下、贪污腐败等因素，有时也会影响患者获得所需的药品。更为重要的是，强制许可的实施还有可能将不发达国家药品制造商的精力转移到药品仿制而非新药开发上面；相应地，发达国家的药品制造商也可能会因无利可图而冷落新药的研发。世界银行的调查报告显示，在缺乏专利权保护的条件下，将会有65％的医药产品将永远不会被投放到市场，有60％的新药将不会被开发。
其二，在国际公约和国际惯例基础上建立起来的国际经济秩序是对国际社会经济利益格局的肯定和维护。在一定阶段建立起来的平衡状态是国际社会赖以存在和发展的前提条件。当然，当任何突发性的灾难发生时，都不免会影响甚至打破这种平衡状态。但是，这毕竟只是常态中的非正常变化，一旦突发事件消失后，社会还是要恢复到原有的常态。打破常态当然是一种非常严肃的事情，因为，这不仅牵涉到当事者双方的利益，而且还会涉及到利益格局各方的利益。药品专利是国际社会经济利益格局的常态，面对禽流感等突发灾难而采取的强制许可则是这种常态的例外，如果不能很好地把握常态与例外两者之间的关系，则会严重影响既存的国际经济秩序。
（二）搅动利益平衡关系
启动药品专利的强制许可会不可避免地搅动两种利益平衡关系：一种是专利权人的利益和社会公共利益之间的关系；另一种则是授权强制许可的国家与专利权人所属国之间的关系。
就前一种关系而言，专利制度的根本目的在于奖励发明并通过发明最终促进科技和产业的发展。为了促使发明人将其发明公开，作为代价，法律允许发明人在一定期间内对其发明成果享有制造、使用和销售等方面的专有特权，以使发明创人能够收回投资成本，并获得应有的利润。一般认为，专利权是思想的创造物。创造这些产物的人需要享受充分的经济收益，惟其如此才能调动人们的创造积极性，因此对创造物的保护也就有了其存在的合理依据。尽管如此，却不能要求受益的普通公众因使用这些创造物而支付过高的代价。这样一来，便造成了创作者与使用者之间不可避免的利益冲突：一方面需要对发明者给予补偿；另一方面还要考虑公众的实际利益。为了实现正义与效率的价值目标，在制度安排上，专利权保护始终要在社会公众与权利人之间寻求一种利益平衡。实际上没有任何一个国家愿意赋予专利创造者以抵制仿冒的永久权利，因为这种特权所潜在的政治和经济危险是巨大的。问题的关键在于，是否是在符合国家经济发展和关于正义的正确理解的基础上求得这种平衡[19]。在科学技术突飞猛进的今天，技术革新与革命担当着无可替代的角色。创造者对其创造的成果主张权利完全是自然理性的合理要求。当然，在强调对创造性劳动成果保护的同时，同样也不能忽略对社会公众和公共利益的考虑。既要限制私权的过度膨胀，又不能损害产生创新的源泉和充分发挥创新的动力[20]。
