认定小金库贪污案件的特点：较一般贪污案件复杂、困难；调查、取证难；被告人容易狡辨、抵赖；证据存在“变天帐”、“私房钱”性质等。但万变不离其衷，无论主观目的是为公还是为私，也无论手段是挪用、侵占、侵吞，只要行为人非法占有了财产就可以认定贪污犯罪成立。
小金库犯罪有可能涉及的罪名有贪污、职务侵占、挪用资金、挪用公款、行贿、对单位行贿、单位行贿、私分国有资产、私分罚没财物和隐匿、故意毁坏会计凭证、会计帐薄、财务会计报告等。最为常见多发的是贪污和职务侵占，两者只要区别是主体不同，在客观上没有差异。
前八种法犯罪是
刑法上的规定，后头的是国家在1999年12月25日
刑法修正案中对第
一百六十二条后增加条款：“隐匿或者故意销毁依法应当保存的会计凭证、会计帐薄、财务会计报告，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下的罚金。”单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。”这算是针对小金库贪污犯罪所设立的一条罪名，防止了有罪却无法可依的局面，但是仍然不能解决小金库贪污案件证据难寻、被告人易翻供的现实。
小金库贪污犯罪分子利用“天知、地知、你知、我知”这一“私房钱”的性质，有时把“变天帐”销毁，让反贪机关的侦查陷入汪洋大海之中，案件嘎然而止，使贪污分子逍遥法网之外。
前年中原油田销售公司某基层单位财务老总某某，掌管单位小金库，小金库资金来源是油库损耗和溢油款，一年高达几百万，小金库资金主要用于领导支付对外关系支出还有单位两节发放奖金物品等。书证有存折两张，10.5万元那张存折是复印件，原件没有查明存处；另外一份存折上显示存12次（包括转存3次），取23次（包括转取3次）金额273000元。公诉人认定贪污的这笔款项仍在某某保管的存折上，没有私自取出。
基于被告人来会翻供三次，辩护人的辩护要点是划分出小金库正常支出的金额，先给被告人减少了尽30万数额，并在判决后从扣押款中要回。在剩余的14.2万中又区分出某某主观上有和经理平分的意思表示但客观上没有分的事实，说明处于犯意状态，不能认定犯罪成立。然后论述被告人对3、7万元的利息款存在占为己有的主客观可能，由于公诉人没有相应起诉内容，也不能定罪量刑的辩护观点。最后法院以贪污未遂减轻判决。
