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从上可知，由于诉讼性质的不同，民事诉讼与刑事诉讼实行的诉讼原则和具体制度迥然有异，因而二者实行相同的证明标准是不科学的。
2.诉讼目的的不同允许两大诉讼的证明标准不同
我国刑事诉讼的基本目的是，惩罚犯罪与保障人权。无论是从惩罚犯罪的目的出发，还是为了实现保障人权，都要求案件事实清楚，证据确实充分。但如果本着实事求是的精神，我们就会清醒地认识到，任何案件的认定都要达到“事实清楚、证据确实充分”的证明标准只是一种理想，或者说是一种期待值。因为运用证据认定案件事实毕竟不同于自然科学中的证明，承认“可知论”并不等于每个案件都可以查得水落石出。“疑罪从无”在我国修改后的刑诉法中得到确立正是体现了这一点。认定被告人有罪的证明要求为“犯罪事实清楚、证据确实充分”是完全必要的。所以我国刑事证明标准比“内心确信”、“排除合理怀疑”较为严格，辅之以“无罪推定”的合理内核，更体现了修改后的刑诉法在遵循实事求是的原则下顺应了保障人权的潮流。
民事诉讼目的究竟是什么，理论界尚未有统一认识，现行的主张有权利保护说、纠纷解决说，多元说和程序保障说。笔者认为，民事诉讼目的可以分为两个层次：第一层次为解决民事纠纷。在民事诉讼中，公民因纠纷诉至国家审判机关，后者无论是否完全查清案件事实，均必须在法定的期限内作出裁判。并且这种裁判一旦生效，当事人之间的实体权利和义务就进入相对确定的状态。除特殊情况外，当事人一般不得以原事由再行提起诉讼。国家正是通过审判机关这种解决纠纷的方式来维护社会秩序，保障国家的安定。故解决纠纷是民事诉讼第一层次的目的或曰根本目的。民事诉讼第二层次的目的是保护公民的合法权益。法院在解决纠纷的同时，根据当事人提供的证据以及必要时自行收集的证据，发现事实真相，依据法律作出裁判，用以保护当事人的合法权益。
民事诉讼中同样会出现“疑案”，即案件事实真伪不明。在此种情况下，法院只能根据举证责任的分配原则对案件作出判决。举证责任有双重含义：行为意义上的举证责任和结果意义上的举证责任，或称主观上的举证责任和客观上的举证责任。前者是指当事人对主张的事实负有提供证据证明的责任；后者是指在事实处于真伪不明状态时，主张该事实的当事人因举证不力所承担的不利诉讼结果，这种不利的诉讼结果之一就是实体法上的权利得不到法院确认与保护或者是承担相应的民事责任。很显然，一般情况下，证据优势在哪一方，法院就会作出对这一方有利的判决。而在客观上，证据占优势的一方当事人的主张并不一定就是事实。故在民事诉讼中，区分“客观事实”与“法律事实”是完全必要的。
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