“宗教毒品解雇案”的判决产生了一些学术批评。一些学者指出，制宪者的原始意图以及当时对宗教自由和有限政府的一般理解都不是表面上的中立，而是要求政府在可能的情况下应为宗教信仰提供豁免。实质性的中立比纯粹形式上的中立更有意义，否则宗教条款就很难体现出比一般的平等保护更有意义。[14] 如本节所述，对于究竟采用什么标准来决定宗教自由和法治秩序之间的平衡，最高法院本身一直存在着内部分歧，而近年来
关于宪法标准的争论越来越激烈。在上述1993年的“动物祭祀案”，苏特法官赞同判决结果，并部分赞同法院意见，但他不同意判决第二部分所引用的“宗教毒品解雇第二案”，并认为法院应该重新考虑是否应该仍然遵循该案。“动物祭祀案”所发展的一个原则是，如果对宗教活动的禁止来自于“中立且普遍适用”的法律之实施，那么第一修正案并未受到侵犯；反之，如果对宗教活动的禁止来自于非中立或非普适的法律，那么第一修正案就受到了侵犯。苏特法官首先指出，“动物祭祀案”对中立性的定义过于狭隘：
“尽管普适性是在很大程度上不用解释的，自由活动的中立性却不是如此。在表面或目的上宗教中立的法律可能在效果上缺乏中立性，因为它禁止了宗教所要求的或要求了宗教所禁止的。例如一项适用于所有人的世俗法律禁止饮酒，就将对宗教要求饮酒的成员和其它宗教成员或不信教的人产生不同影响，从而对例如天主教或犹太教产生不成比例的负担。如果不对祭奠上的饮酒提供豁免，这类禁止就可能通不过宗教中立性的检验。”
当然，第一修正案究竟是否要求豁免，取决于自由活动条款所要求的中立性之意义。苏特法官认为，中立性并不只是一项要求世俗目的的形式要求，而且还具有实体意义，要求政府“通过使宗教活动免于在形式上中立的法律之追究而协调宗教差别”。“如果自由活动条款只禁止处心积虑的歧视，那么形式要求就穷尽了条款的中立性命令；但如果自由活动条款还保证宗教活动免受政府不必要干预的权利，那么条款就同时要求形式和实体中立性。”“宗教毒品解雇案”的问题是多数意见所理解的中立性仅限于形式中立，而少数意见则将它理解为实体中立。争议的焦点在于，形式中立加上普适性是不是自由活动条款的全部合宪性要求。
苏特法官注意到，“动物祭祀案”本身并不涉及到这个问题，因为它属于在美国“凤毛麟角”的直接针对宗教活动的案例，因而形式中立就能解决问题，但它并不表明“宗教毒品解雇案”的原则就应该受到肯定。“宗教毒品解雇案”才是美国自由活动领域的典型案例，但它所宣布的规则却和以往的案例法存在着矛盾，而它并没有宣布要推翻这些先例的判决，因而法院必须选择究竟是遵循先例还是遵循“宗教解雇案”的原则，以消除判例体系中的内在张力。法院在“拒绝制造兵器案”和“阿米什高中入学案”等案中指出，在表面上中立的规制如果对宗教的自由活动造成过分负担，仍然可能违反政府中立的
宪法要求，因而自由活动条款超越了简单的形式中立。苏特法官认为，和“宗教毒品解雇案”相比，以往的案例更贴切地理解了第一修正案的含义，因为自由活动条款并未区分法律究竟是在目的还是效果上禁止宗教活动，因而似乎表明它同时适用于两者。“宗教毒品解雇案”并没有分析第一修正案的历史，而其后的历史研究表明，条款的原意是保证信教者从事对履行宗教义务的活动，除非那些活动威胁了其他人的权利或国家的迫切需要。
在奥康娜法官加入的赞同意见中，布莱克蒙法官采取和苏特法官类似的观点，认为“宗教毒品解雇第二案”错误忽略了宗教自由作为一项积极个人权利的价值，并坚持“当政府制定了有意或无意对出于宗教动机的活动施加负担的立法时，它就必须证明有关立法是‘实现某种令人信服的政府利益的限制最小之手段’，才能为其负担提供理由。”（引“拒绝制造兵器案”）政府既不得过少包含，也不得过多包含。过多包含的法律范围过宽，因而对于实现令人信服的利益而言是不必要的；过少包含的法律范围过窄，致使同样有害的行为不受追究，从而使政府关于保护更高利益的主张言不由衷。如果法律像本案这样歧视宗教本身，那么它必然通不过“安息日休息解雇案”(Sherbert)的严格审查。
