自1999年开始，我国开始实行新的学生贷款计划，即财政贴息的国家助学贷款。在实施过程中，国家助学贷款经历了从试行到全面推开到面临困境的五个时间段。
　　1999年5月到12月，确定了国家助学贷款的性质——商业性贷款，将其纳入正常的贷款管理；确定了国家助学贷款的两级管理体制、并组建了决策和管理机构；从1999年9月1日开始，由中国工商银行在北京、上海等八个城市开始试办有担保的国家助学贷款业务。对于特困生贷款到期无法收回的部分，由提出建议的学校和学生贷款管理中心共同负责偿还，其中学校偿还60％，学生贷款管理中心偿还 40％。严格的借款条件和担保要求并没有获得预期的学生贷款的巨大增长，这一阶段的国家助学贷款发放额十分有限。
　　1999年12月到2000年6月，为解决担保难的问题，有关政策进行了调整，决定对十八岁以上的在校大学生发放无担保助学贷款，要求学校提供介绍人和见证人，停止执行学校和学生贷款管理中心对特困生贷款负有的连带还款责任，并允许对国家助学贷款的呆坏帐进行核销。同时，进一步加强了一般商业性助学贷款业务。各商业银行、城市信用社、农村信用社等金融机构均可开办面对接受非义务教育学习的学生或其直系亲属、或法定监护人发放的商业性贷款。经过这些政策调整后，国家助学贷款的发放量有了一定程度的增长，但与庞大的贫困生群体相比，仍显单薄。　　2000年6月到2000年的12月，国家助学贷款试办范围由八个城市扩大到全国，经办银行由中国工商银行，扩大到中国农业银行、中国银行和中国建设银行，贷款对象由全日制本专科学生扩大到包括研究生。信用贷款取消第二责任，放宽了借款的基本条件，取消了证明人的连带责任，简化了高等学校的职责。
　　从2001年初到2003年8月，为了加快国家助学贷款规模的迅速扩大，进一步解除了经办银行和经办人员放贷责任。只要按照国家规定发放和管理国家助学贷款，确因贷款人逃贷，并能够提供追索无效的有关资料，就不再追究经办银行和经办人的责任。并同意免征国家助学贷款利息收入营业税，进一步调动商业银行开展助学贷款业务的积极性。在各项政策的推动下，国家助学贷款的发放额度在日益扩大，然而这种局面并没有维持很久。
　　2003年夏季，由于1999年扩招的大学生集中在该年就业，进入还款期的贷款学生日益增多，违约现象的增多成为银行和财政部门不得不重视的问题。2003年8月，贷款银行规定对于违约比例达到20％且违约毕业生人数达到20人的高等学校暂不列入国家助学贷款计划之列。很多学校的学生在2003—2004年学年度因此丧失了获得国家助学贷款的资格，无力支付的学费和住宿费只能由学校暂时承担，国家助学贷款的推行面临着新的困难。

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