然而，参加大会并不等同于具有观察员地位。观察员资格作为同WTO具有实质性合作的象征，对于希望通过这个角色在WTO的舞台上真正发出自己的声音的NGO尤具意义。但是，即使在积极推进与NGO合作的《指导方针》中，WTO成员方也表示“让NGO直接参与到WTO的工作和会议中来是不可能的”。 这也是为何当时只为“政府间国际组织”制定了观察员《指南》的原因。在反对NGO成为观察员的声音中，WTO成员方认为：WTO的性质是政府间组织，成员方代表经政府授权在WTO进行谈判，本身已经代表了国内公众的利益，而贸易政策的决策过程中也照顾到了各方利益，因此NGO无权取得观察员资格；WTO的有关专家则认为：NGO的合法性、代表性和责任性目前仍让人担心，如何接受、筛选和判断哪些是合适的候选组织会带来官僚政治的难题。此外，发达国家和发展中国家NGO的能力也存在严重不平衡。 因此，NGO仍然难以担任WTO观察员的重任。
但是，如前所述，NGO业已成为众多国际组织中观察员的组成部分，影响日益增大，WTO简单地将其拒之门外是否过于武断？而如果授予NGO观察员资格，又应当参照何种标准？这是WTO观察员制度面临的又一挑战。
3、观察员的责任承担机制缺乏
实际上，缺乏具体的义务规定和相应的观察员责任承担机制是整个观察员制度普遍存在的缺陷——之前以民族国家和政府间国际组织为代表的国际社会中，基本以主权国家意志为主导，以政治性议题为中心，观察员能够发挥的作用相当有限，也容易消融在主权国家的强大压力之下。因此，观察员责任机制的缺失并无碍制度的正常运行。然而，随着晚近经济全球化趋势，在日益相互依赖、休戚与共的国际社会中，环境保护、人类健康、劳工权益等等都成为关乎人类未来生存和可持续发展的重要问题。而WTO中的“议题链接”使得贸易、投资、金融自由化要求与人权保护、环境保护、失业问题及贫富分化加剧等社会问题产生碰撞的可能性大大增加，将WTO的管辖权延伸至许多之前从未涉及过的专业领域，远远超出了各成员方派出的贸易问题专家的研究范围。因而，在解决这些问题的过程中，观察员在其领域的权威性意见受到前所未有的重视，对于WTO成员方的决策产生了深刻的影响。
然而，另一方面，国际组织并非万能，受其自身机制所限，国际组织在全球治理中也会出现失灵的现象。 加之观察员权利义务的不对等降低了国际组织的负责任性，存在产生道德风险的可能。一旦观察员提供的信息存在错误、遗漏、甚至虚假等误述，会给WTO及其成员方带来难以估量的影响。此外，将NGO引入WTO观察员队伍之后，应当如何评价它们所提供信息的真实性是非常棘手的问题。NGO作为“法庭之友”介入WTO争端解决机制引起了轩然大波，从一个侧面反映出WTO成员方对于NGO所披露信息的隐忧。所以，为了能够追究信息披露不实引起的法律责任，确保国际组织会诚实信用地行使观察员权利，同时也能从侧面避免国际组织对WTO观察员地位的盲目趋同和权利滥用，减轻WTO成员方的过分疑虑。WTO亟需建立观察员责任承担机制作为观察员制度的法律保障。
除了提供信息之外，观察员可能还需要根据接受机构的要求，为WTO以及机构间合作的工作提出建议、报告等等。此外，NGO观察员还需要保证西雅图会议的历史不会重演，遵守会场秩序，改善其具有暴力和破坏性的负面形象等等。对此，观察员都应当本着负责任的态度认真完成。因而，一个良好的观察员责任承担机制也是不可或缺的。
三、WTO观察员制度的完善
（一）取消成员方关于观察员准入的协商一致原则
WTO成员方限制观察员准入的工具是协商一致原则。协商一致一直是WTO的基本议事原则，目的是为了在作出对全体成员方都有约束力的重大决定时，可以最大程度地照顾各方的利益。 尽管《马拉喀什协定》中也提及在某些情况下，成员方也可以用简单多数进行表决。 但迄今为止，简单多数一直排出在WTO决策机制之外。不能否认，协商一致原则在WTO的决策过程中确实功不可没，因为由此产生的决议不会受到某个成员方的竭力反对。WTO以此来确保强大的发达国家成员不能将它们的意志凌驾于贫穷、弱小的成员之上。但另一方面，协商一致原则受到的批评也越来越多：WTO事无巨细都要采取该原则进行处理，在WTO成员方急剧增加的今天，造成了严重的效率下降或者权利滥用——如果某项措施能够带来重大变革，协商一致原则可以权且被视为WTO“
宪法性稳定”的保障。但更多时候，需要处理的并非这些根本性问题，而仅仅是为了顺应不断变化的经济形势所做出的简单调整。这些措施由于要求全体成员方协商一致而变得异常艰难。 另外，对于该权利的滥用导致许多议程被恶意阻挠，导致WTO谈判几乎瘫痪或者停滞不前。
另外，即使对协商一致原则在WTO事务中是否仍然发挥积极作用在所不问，也无须在观察员准入方面采取全体成员方协商一致的方式。诚然，观察员组织提供的专家信息相当重要，它们在全球经济事务中的影响也不可忽视。但如前所述，它们享有建议或者参加决策制定过程等权利完全取决于取得观察员地位之后，具体接收机构的实践中的安排。就批准已经达到观察员资格的国际组织进入WTO这一行为本身而言，属于纯粹的程序性事项，对WTO成员方并无实质性的重大影响，也不给成员方带来新的权利义务或者改变之间的权利义务分配，实在无须动用协商一致原则。实际上，WTO的顾问委员会也建议各成员方充分考虑协商一致原则的适用范围，某些程序性的决定无需通过协商一致来决定。 另外，前已论及，WTO各成员方已经进行机构间合作的职责授予了总理事会和总干事，《指南》也安排各个机构的主席对观察员地位的申请进行审查。如果个别成员方恶意利用协商一致原则，简单一张否决票就能够使申请观察员的努力前功尽弃，实质上导致之前授予总理事会和总干事的权利形同虚设，更置WTO大多数成员方意见于不顾。
