第二，从程序制度而言，证人不出庭是刑事程序异化的主要表现。对抗制以争讼双方平等对抗为基本理念，没有程序上的平等就不会有真正的对抗。在民事诉讼中，由于诉讼双方是平等的主体，证人出庭相对而言要容易得多，交叉询问往往也可以自由开展。 而刑事诉讼中的控辩双方在法庭中不具有平等的地位，对抗式的诉讼难以展开，以交叉询问证人为核心的程序设置不能发挥作用。这种不平等性，最明显的表现是在证据调查方面两者拥有权利的悬殊。侦查机关和检察机关作为控方，“必须保证一切与案件有关或者了解案情的公民，有客观地充分地提供证据的条件，除特殊情况外，并且可以吸收他们协助调查。”人民检察院和公安机关向有关单位和个人收集、调取证据，“有关单位和个人应当如实提供证据。”侦查人员询问证人，“可以到证人的所在单位或者住处进行，……在必要的时候，也可以通知证人到人民检察院或者公安机关提供证言。”由于侦查机关和检察机关拥有
刑事诉讼法规定的所有强制和非强制措施实施权，也可以根据法律规定对妨碍司法的行为人进行处理，因此，证人在侦查机关面前鲜有不作证的。 笔者的调查发现，证人基本上都愿意向公安机关和检察机关提供证据，不存在平常所说的证人不出庭是因为证人法制观念淡薄或者抵触情绪等问题。除了那些流动性很强的证人外，要让普通的证人出庭在技术上并非难事。控方证人不出庭只不过是他们的证言很容易被法官采纳，没有出庭的必要。在公诉人看来，只要法院不要求证人出庭，他们没有必要主动请求证人出庭。相对而言，辩方调查证人就要艰难得多，证人出庭也艰难得多。辩护律师首先要“经证人或者其他有关单位和个人同意”，才可以向他们收集与本案有关的材料。可以申请人民检察院、人民法院收集、调取证据，或者申请人民法院通知证人出庭作证，但是如果不被批准，就别无途径。辩护律师“经人民检察院或者人民法院许可”，并且“经被害人或者其近亲属、被害人提供的证人同意”，才可以向他们收集与本案有关的材料。也就是说，辩护律师在调查证人证言上，需要看证人脸色，甚至要得到自己的对手——检察机关的同意。事实上，由于辩护律师在行使该权利上存在的种种障碍以及风险，律师申请证人出庭的情况在实践中非常少见。即使申请证人出庭，也很难实现，法庭也可能以种种理由拒绝证人出庭的要求。控辩双方的不平等性昭然若揭。
第三，从司法体制而言，证人不出庭与司法机关角色偏差有着不可分割的联系。我国的公检法三机关“流水作业”式的诉讼构造，使得法院的审判机能弱化，证人制度的困境可能成为司法改革成败的“阿喀琉斯之蹱”。 在现行的司法体制下，公安机关拥有维护社会治安和进行刑事侦查的强大几乎不受制约的权力，甚至在党内领导体系上还高于法院（在很多地方，公安局长通常兼任政法委书记，主管公检法司的工作）；检察机关具有监督法院诉讼活动的权力，并且其诉讼职能不受司法审查的约束；法院对于审判前的警察权、检察权不但没有任何控制力，而且对追诉行为合法性也无法进行裁判，审判机能严重萎缩。虽然近些年法院的地位已经有了明显的提高，但是仍然没有确立“审判中心”主义，审判机关在三机关中的地位仍然没有被提到应有的高度。在法院体系内部，因为实质上的行政化管理体制，法院的独立性很难体现，法官也没有足够的权威来对追诉行为进行司法审查，甚至没有权威对证人不出庭作证的行为行使必要的制裁。考虑到个人职位和利益的因素，法官个人不愿意主动挑战旧体制弊端，于是长期形成了主观能动性不高的集体心理。因为“互相配合”机制的存在，在某种程度上说，法院已经沦为刑事追诉的助手，丧失了应有的中立性和公证性。在证人作证制度上，法院没有强制传唤证人作证的权力，没有要求控辩双方就证人证言进行充分的质证的能力，也没有对侦查机关、检察机关违法获得的证人证言直接宣布非法并予以排除的勇气。只要证人证言的真实性可以得到保证，获得证言的程序合法性问题、被告人权利的保障问题、以及诉讼程序的公正性问题，都可以容忍。法院从维护司法公正的中立立场，转移到了确保正确有效打击犯罪的功利主义立场。面对公安机关和检察机关，法院的权威难以体现，所谓的司法独立步履艰难。书面上的“司法中心主义”，在我国现有的司法体制下，已经演化为“司法裁判边缘主义”，审判成为继侦查、起诉之后又一道打击犯罪的工序。 证人制度所凸现的问题，只是法院尴尬地位的一个集中表现而已。“见微知著”，证人制度的瓶颈问题不解决，以证据为核心的审判制度改革就面临着“崩盘”的危险，司法改革的形势也岌岌可危哉。
