政府采购法和
招标投标法在确定中标、成交供应商的标准是不一致的，也是相互冲突的。前者规定集中采购确定成交供应商的主要标准是采购价格，与国际政府采购规则基本一致；后者则不论是否为政府的集中采购，确定中标供应商的标准分别有两条，即综合评价标准和经评审的投标价格最低。根据
招标投标法规定，能够最大限度地满足招标文件中规定的各项综合评价标准；能够满足招标文件的实质性要求，并且经评审的投标价格最低。我们在实践中看到最多的是招标公司以综合评价标准确定中标、成交供应商。法律所确定的这一评标原则明显带有计划经济年代的特征，赋予采购主体极大的主观随意性和自由裁量权力，很难体现透明度和客观公正原则。在实际的政府采购活动中，采、供双方矛盾最大也是问题最多的就是综合评价标准。这一标准显然与我国政府采购存在冲突。根据前述，为了降低公共采购的交易成本，体现公共采购在节约财政资金、提高公共资金使用效益方面的优越性，我国的政府采购立法非常有必要对集中采购给予更多的关注，同时必须及时解决两部法律在确定供应商的采购价格方面所存在的冲突和错位。
还是回到备受关注的争议案例。2003年2月18日，落标供应商不满意我们的答复意见，向财政局政府采购办公室提出了投诉。与此同时，要求暂时中止政府采购项目的继续执行。但政府采购合同早在质疑、投诉之前，采购人与中标供应商已经签订，且已经开始实际履行。依照国际规则，对于采购单位违反法律规定的，对质疑供应商应该给予公正和及时的考虑，且以不损害在质疑制度下获得纠正措施的方式进行，国家应规定非歧视、及时、透明和有效的程序，我国政府采购法第六章也移植了质疑程序，但却存在一些问题。
首先，没有审查和处理质疑事项的独立主体。依照ＷＴＯ政府采购协定，质疑事项应由一家法院或对采购结果无利害关系的公正独立的审查机构进行审理，其机构成员在任职期间应不受外部影响。从我国政府采购法规定的内容来看，审查、处理供应商质疑事项的主体分别是采购人或者采购代理机构，处理的质疑事项是采购文件、采购过程和中标、成交结果是否存在着违法，是否存在着侵犯供应商的合法权益。在我国政府采购法质疑和投诉这一章节中，最为关键的是质疑事项的审查、处理主体，这关系到质疑供应商的合法权益是否能够及时获得客观公正的保护。在
政府采购法中，审查、处理质疑事项的主体，有各种不同级别的采购人，有以营利为目的的、名称各异的、不同组织形式的招标公司，有非以营利为目的事业性质的各级政府采购中心，等等。不论是哪类主体，与采购结果都存在着或多或少的利害关系和利益冲突，根本就无法保证公开透明、客观公正地审查、处理质疑事项。况且，在采购代理机构中，众多是以获取高额利润为目的的各类招标公司。这些主体不可能在审查、处理质疑过程中自己否定自己，不可能推翻既定的采购代理结果，也不可能做出任何有利于供应商的书面答复意见。因为这会侵害到招标公司的利益，使原先的付出的劳务和工作量全部归于无效。
