人民主权思想的重大意义在于它推翻了中世纪以来盛行的“君权神授说”，把国家权力的来源从上帝手中转到人民手中。杰弗逊之大力宣传这个人民主权思想，是他的不可泯没的功绩之一。 以自然权利学说及人民主权思想为基础，杰弗逊又深入地论证和发挥了关于人民的革命权利的理论：既然成立政府的目的是为了保障人民的自然权利，既然政府的权力来自人民，那么一旦政府不履行自己的职责，侵犯人民的权利并且开始压迫人民的时候，人民就理所当然地有权利举行革命或起义来推翻这样的政府。 杰弗逊关于人民的革命权利的思想，首先发表在《独立宣言》里。他在这个《宣言》里宣布：成立政府的目的就是为了保障人民的自然权利，“如果遇到任何一种形式的政府损害这个目的，那么人民就有权利来改变它或废除它，以建立新的政府。……当一个政府在一个时期开始实行的一连串的暴政和倒行逆施（并且一成不变地追求同一个目标）表明它决心要把人民放在绝对专制权力的淫威之下的时候，人民就有权利，也有义务，去推翻这样的政府并且为他们未来的安全设立新的保障。”（27）
当然，人民革命权利的思想也不是杰弗逊首先提出来的，在早于他一百年前，洛克就提出了这个思想，但是同样杰弗逊第一个把这个思想写进官方文件里，并且在美国人民反英斗争方兴未艾之际宣布了这个思想，这就使这个理论成为巨大的物质力量，对于激发美国人民的革命精神和战斗力来说，起了不可估量的伟大作用。 在独立战争结束后，随着阶级斗争的发展，特别是在谢斯起义失败后，杰弗逊不仅捍卫了这个思想，而且还热情洋溢地歌颂革命。他写道：“让他们（指人民）拿起武器吧！……在一两个世纪内丧失少数生命有什么关系呢？自由之树必然时常用爱国者和暴君的血来灌溉。它是自由之树的天然的肥料。”（28）他又写道：“……我们的确向世界提供了一个单凭理性而不流血地改革政府的美好的榜样，并且以此而自豪。但是世界太受压迫了，所以不会从这个榜样中得到好处。”（29）
杰弗逊所宣扬的革命的权利的思想，它不仅在美国独立战争中鼓舞了人民的斗志，而且也推动了欧洲及拉丁美洲的革命。美国历史学家阿瑟•施莱辛格认为“在独立宣言中宣布的与生俱来的、普遍的革命的权利的观念”，是美国对于人类文明的十大贡献之一，而且是首要的贡献。（30）这个说法虽然未免有些夸大，但是也说明了一定的真实情况。
杰弗逊的人民主权理论的实现模式是民主共和国：第一，人民对于政府的控制。他写道：“人民对于他们的政府机关的控制，是衡量一个政府是否为共和制的标准。”（31）除非群众对于被委托以政府权力的人保留足够的控制，否则那些人就会变为压迫者。”（32）第二，政府体现了人民的意志并且执行这些意志。他说：“政府只有当它体现了人民的意志并且执行了这个意志的时候，才能是共和制的”。（33）第三，保障人民的一系列自由权利。 为了实现上述三个条件，他提出了一系列建议： （一）实行健全的选举制度，其中包括普选制、公正代表制 杰弗逊认为，普选制是保障人民的权利及矫正弊政的最好的手段。他说：“近代……发现了这些权利借以得到保障的唯一方法，那就是：人民统治的政府，但是人民不是亲身，而是由他们的代表，即由每个成年的、精神正常的男子选出的代表，进行统治”。（34）他又说：“普遍选举权可以温和地、安全地矫正弊病，而在缺乏这种和平补救的方法的地方，这些弊病是要用革命的刀剑斩除的。”其次，杰弗逊主张实行公正的代表制，代表人数应该与选区人口成正比例。最后，杰弗逊也强调议员短期改选的必要性，反对议员长期任职。他说：“……这些代表或者要随时选出，或者选举间隔时期要短，以便保证代表们真正反映选民的意志。……距离公民的直接的、经常的控制愈远，政府的共和性质就愈少。”（35） （二）限制政府的权力 分析欧洲制度的弊害时，杰弗逊得出了一个结论：各国政府的发展趋向是权力的自我膨胀，以致超出了人民的控制之外，结果势必产生腐化和暴政。他担心这种情况如果也出现在美国，独立战争的革命果实将化为乌有，人民的血也就白流了。为了防止美国政府权力膨胀及出现暴政，他赞成采取两个重大措施： 第一，实行三权分立，以收立法、行政、司法三个权力互相牵制、互相平衡之效。他认为把三个权力都集中在一个主体或个人手中，就会产生压迫人民的暴政。他指出：古往今来，一切政府，凡是“把全部管理权力都总揽和集中到一个主体手中的，……都毁灭了人的自由和权利。”（36）把三个权力都集中在一个机构手中，“恰恰就是一个暴虐的政府。”因此他要求建立这样一个政府，“它不仅仅建立在自由原则的基础上，而且在几个政权机构之间实行分权和互相平衡，俾无一个政权机构能够超越其合法限度之外，而由其他机构予以牵制和限制。”（37） 在杰弗逊看来，不仅三个权力要分开，而且三个权力还要互相牵制，互相平衡，不使任何一个权力过大，以致凌驾于其他权力之上。他认为尽管三个权力分开，如果一个部门的权力过大，也会发展为暴政。他感到：如果议会权力过大而不加以限制，也会产生暴政。他说：“这些权力由多数人行使，而不是由一个人行使，也不会减轻[暴政的程度]。173个暴君（下院有173个议员——引者注）和一个暴君一样，都会压迫人。他们即使是由我们自己选出的，也不会有什么好处。一个选出来的暴政，并不是我们争取的政府。”（38）但是，杰弗逊认为最大的危险来自行政元首的权力。他尤其担心美国联邦
宪法规定的总统连选连任制，他认为这样将为总统的终身职铺平道路，而总统的终身职必然导致总统权力膨胀及个人独裁。他在致麦迪逊的信里表示坚决反对总统连选连任制，认为这是违反官职轮流制的精神的，“经验和理性都告诉我们：第一任元首总是会被连选的，如果
宪法允许的话。那么他就是终身职了……只要回顾一下古代及现代君主选举的历史，就可以证实我们的恐惧是有根据的。”（39）因此他主张实行总统一任制（四年任期期满之后，不能第二次被选为总统）。后来他又作了让步，同意总统在第一任期满可以连选连任，但是第二任期满就不能被选为第三任总统了。为了履行自己的主张，他自己在任八年总统后，主动放弃竞选，目的在于创造一个先例。（40）“在大多数人的法律停止被承认的地方，政府就会终止；最强者的法律就取而代之。”（41）
