实体规则的缺陷最后表现在对学生具体合法的实体权益的保障规定缺失。在对学生的纪律处分中，学生的实体上的很多权益都面临被侵犯的危险，最主要表现在以下两类：一是受教育权被剥夺。我国《
宪法》第
四十六条规定：“中华人民共和国公民有受教育的权利和义务”，可见受教育权是《
宪法》赋予公民的基本权利，也是学生的核心权利，在知识经济的今天，受教育权是有效实现其他权利的基础，学校仅凭自己制定的内部处分条例就剥夺公民的受教育权是有违
宪法精神的；二是人格权（主要是学生的名誉权、隐私权与公正评价权）也时时面临被侵犯威胁。法律规章没有规定学生在受纪律处分中应该享有的，并且应当被尊重的这些权利，从而使得学校在行使违纪处分权时根本不用考虑尊重学生的这些权利，当这些权利受侵犯时，学生没有合理的依据提出“抗议”，正所谓“无凭无据”！
（二）程序规则的缺乏
程序规则的缺乏又称程序瑕疵（Procedure defect），是几乎所有高校诉讼案反映出的一个普遍问题，如在田永诉北京科技大学案件中，法院正是以下面理由认为被告的处分构成程序上的违法：“……另一方面，按退学处理，涉及到被处理者的受教育权利，从充分保障当事人权益的原则出发，作出处理决定的单位应当将该处理决定直接向被处理者本人宣布、送达，允许被处理者本人提出申辩意见。北京科技大学没有照此原则办理，忽视当事人的申辩权利，这样的行政管理行为不具有合法性。” ⑥正当程序的缺乏使得学校在行使违纪处分权时恣意、妄为，直接导致学生权益受到侵犯后求救无门，其合法权益得不到保障，从而使学生与学校的矛盾越来越尖锐。当然，高校对违规学生进行处理是法律赋予的权利，具有单方意志性和强制性，学生有义务接受学校给予的纪律处分，但这种权利不能随意行使，必须严格按照法律规章规定的程序一步一步往下做。当前大多数高校在处分学生时多采用的是学校单方设定的一种内部程序，学校往往先让学生写检讨书并且承认错误，然后根据其认错态度由学校讨论决定，没有仔细调查、充分收集证据，当事学生一般不能充分参与其间并自由表达其意志，为自己申诉辩解，结果便草草定下来。如案例二，两学生在被学校发现后通知其写检查交代发生性行为的时间、地点、次数、对象等，并承认自己犯有“品德恶劣、道德败坏”，发生“不正当性行为”的错误，两学生不同意学校的这种说法，学校便以学生对错误“认识不到位”为由，将二人处以勒令退学处分。学校不按程序办事即使其做的决定再公正，也不会令人信服，更达不到处罚措施的教育功能。
新
《规定》第
五十五条至第
五十九条规定了学校行使违纪处分权的必要程序，如决定前听取当事人陈述、申辩，开除学籍要由校长会议研究决定，将决定书送达本人并备案等等，不但规范了学校行使权利的途径，而且给学生充分保障，但是
《规定》的具体实行结果却并不一定能达到立法预期效果。一方面如上提到的学校不严格执行规定，另一方面也因为学生的程序意识普遍比较低，除非学校处分严重侵犯其权益，否则学生一般也不会对学校的处分程序要求太高。不仅现有规范执行不力，同时规范本身对程序的要求也有缺陷，比如03
教育部《意见》就在完善学校保护机制中提出：“高等学校依法对学生做出处分决定应当经过校长办公会议讨论通过”，但新
《规定》却除了对开除学籍由校长会议室研究决定外，其他纪律处分的决定机构、组成人员没有明确，两个规章相互冲突。因此当学校在适用法律规章时往往“避繁求简”，不仅行使裁量权的机构本身组成有随意性，其决定也有很大随意性。正是由于不同群体来源组成的行使裁量权的机构对学生处理结果会有很大差异，其公正性就值得怀疑。
（三）救济途径的不畅
英国有一句法谚：“没有救济就没有权利。”（No remedy, no right.）其基本涵义是指一项权利如果没有相应的救济保障机制，那么它就不是真正的权利，其存在没有任何意义，法律在赋予公民某项权利时必设置保护该权利的救济机制。由于高校行使的违纪处分权是一种公权力，所以其做出的纪律处分具有法律上的公定力，非经法定程序不得改变和撤销，学生作为行政相对人，一方面有义务接受学校的合理处分，另一方面也有权利对其认为不当的纪律处分提出抗议。对于因学校行使该公权力引起的侵权则一定要经过法定程序、根据法律的规定来解决，寻求的是法律救济（legal remedy）。我国法律赋予公民的分级救济途径主要有申诉、行政复议、行政诉讼、。但现实的情况是学生权利屡屡受侵，寻求法律救济却屡屡受挫。
1、申诉制度形同虚设
所谓申诉是指公民因受到国家机关的违法或不当处理，而通过向国家机关陈诉事实说明理由，请求重新处理的行为。“申诉是公民维护自身权益的意愿表达权。” ⑦
《教育法》、
《高等教育法》、新
《规定》以及
教育部《意见》都规定了学生对学校纪律处分不服可依法享有申诉的权利，新
《规定》还对这一权利的行使作了较具体的规定，如申诉的具体期限、受理部门、受理部门的组成人员、申诉形式等，这些都反映了我国教育行政管理部门对学生救济权利逐步重视，对保障学生权利和规制学校行使违纪处分权具有重要意义。
然而，当我们欣喜法律规章提供了向学校和教育行政主管机关申诉双重保障机制，我们也不得不清醒地看到这些保障机制在实践中并没有充分发挥其作用，在现实中的实行面临着举步维艰的尴尬局面。一方面某些学校从思想上就不愿意接受当“被申诉方”，为了保证其行使违纪处分权的绝对权威，维护学校的形象、面子，往往千方百计维持其原处分结果，使学生有权向学校申诉这一道保障基本流于形式；另一方面，新
《规定》第
六十三条第二款规定“省级行政部门在接到学生书面申诉之日起30个工作日内，对申诉人的问题给予处理并答复”，这对教育行政部门的深度处理规定太过笼统，没有具体的申诉程序，没有当事人的参与，仅凭内部讨论就决定当事人的命运，不得不让人怀疑它的公正性、合理性，况且学校与教育行政主管机关存有人事、资金等方面的相关性，教育行政主管机关担心如果轻易改变甚至撤销学校的处分结果，不但使学校管理工作不好开展，而且可能引起校方的抵触情绪，使其内部关联利益受到影响，所以教育行政部门一般都会尊重学校行使的违纪处分权，可见第二重申诉其实也是没有实现其应有的价值的。
