高校的违纪处分权自高校产生之日其即产生，其权威性人们曾经从不加以怀疑，然而随着现代法治社会的来临，权利观念已逐渐深入人心，维权意识越来越重，权利与权利的碰撞越来越激烈，高校在运用其违纪处分权时也暴露出了越来越多的问题，那些曾经被当成是理所当然的高校违纪处分权开始受到质疑，纵观近几年来高校违纪处分权引起的纠纷，可以总结得出在高校违纪处分权运行过程中出现的问题主要表现在以下三个方面：
其一，学校行使违纪处分权的直接依据校规制定是否妥当有据。通过仔细研究可以发现不少高校管制条例或多或少总会有些不规范的用语，比如“有伤风化”、“道德败坏”等“定案”标准很难说服学生，让学生心服口服接受惩罚。例如在前文所提案例二中，校方即是依据原国家教委颁布的《
高等学校学生行为准则》、《
普通高等学校学生管理规定》中学校违纪处分权的授权以及根据该授权制定的该校《违纪学生处分条例》中关于“道德败坏，品行恶劣”、“发生不正当性者，给予留校察看直至开除学籍处分”的决定，给予两名当事学生勒令退学处分的，两名学生则以学校“定性错误，于法无据”为由提起诉讼的，因为法律规章虽然授权学校处分学生，但是并没有明确规定因道德败坏或发生不正当性行为就可以剥夺其受教育的权利；再例如2004年，北京某大学20多名学生因违反本学院针对该年级发布的《通知》中“严禁周一到周五在宿舍上网、看影碟、玩游戏”的规定，而被该学院给予轻重不同的处罚。其实该《通知》本身的合法性就值得商榷，这样的禁令以及由此而来的处罚是否妥当就更值得我们深思！
其二、学校行使违纪处分权十分随意、武断、不当甚至错误。随意性大主要体现在学校对学生进行处罚并没有按照同样标准同等对待，处罚不一一方面容易使学生产生不满甚至逆反心理，另一方面更有悖于公平原则；武断表现在学校在行使裁量权时强调其单方意志，不听取学生意见，不进行充分的调查取证，按照自己的意愿进行处罚；不当或错误表现在学校有时对学生的违法违纪行为性质认识不清，，对于直接触犯国家法律的行为仅给予校内处分而不送交司法机关制裁，导致“重过轻罚”，对于仅仅违反学校一般规定的，却给予相当严厉甚至严重超过受处分学生所能合理忍受的必要限度的处分，形成“大炮打小鸟”的局面。
其三、学校行使违纪处分权与学生的身份权、名誉权、学习权、受教育权等相冲突。对于学校，学校基于办学自主权有权对学生进行纪律处分。而对学生来说，学校对学生的纪律处分本身就是对学生的一种否定性评价，对个人身份、名誉产生直接影响，这些处分都将归入学生个人档案，对其以后的生活、就业等等产生重大影响，有时甚至是致命性的。一旦学校的违纪处分权行使不当，必将侵犯学生的这些权利，造成声誉败坏、名誉损失、平等就业机会丧失。还有很重要的一点就是受教育权是我国宪法赋予公民的基本权利，没有法律规定在什么情况下可以被剥夺，学校当然就没有权利在这一方面发挥其自主裁量权，但是目前很多高校的内部规定都是违背
宪法的，“恶法亦法”的观念比较流行。
所有这些冲突都不是偶然性的促成，而是必然性的发生，追根溯源那些存在已久的深刻的原因便赫然摆在我们面前：裁量权的行使的依据不妥主要是实体规则的缺陷，裁量权行使的不当主要是程序规则缺失，学生权益受到侵犯而束手无策主要是因为救济渠道的不畅。
（一）实体规则的缺陷
学校基于其自主管理权有权决定对学生处以什么样的处罚，但是同一行为在不同学校却出现不一样的处分后果，有的处分偏轻，有的偏重，没有统一的处罚标准，这一切都是因为我国实体法律规章的规定太笼统，给予学校的处理空间太大，实体规则的缺陷（Entity regular flaw）成为高校诉讼案件增多的首要原因。
实体规则的缺陷首先表现在我国教育法律规章的立法滞后。长期以来高等学校内部一直适用自己的规章制度，学生也对此没有任何怀疑，但随着维权意识的普遍提高，人们寻求法律救济的频率越来越高，学生告学校事件频频发生，并且出现多种新情况，许久前制定的法规越来越不符合现在的形势。比如2005年3月以前，我国的教育方面的法律
《教育法》和
《高等教育法》分别于1995年和1999年实行，这两部法律作为指导性规范对学校学生的具体权利义务规定得相当笼统和抽象，教育实践性规范原国家教委发布的《
普通高等学校学生管理规定》也是1989年才发布的，几乎年年失修，其落后规定却一再成为最近几年高校行使违纪处分权的依据，学生权利一度得不到保障；2005年3月新
《规定》颁布，对学校的具体的违纪处分权作了进一步限制，如第
五十四条列举了学校可以给予开除学籍处分的具体七种情况，比原
《规定》更加科学合理，更加适应当今局势的发展。但是，许多学校还没有根据这些相应新规章及时对自己还处于落后状态的相关规定做出修改，一旦与学生权益发生冲突往往使自己陷入被动局面。
实体规则的缺陷其次表现在法律规章给予学校太大的自由裁量权，导致学校违纪处分权行使混乱。这主要表现在法律规章只笼统对纪律处分的种类、开除学籍的情形作大方向的描述，其实最终仍旧是授权学校根据各自校情制定校规来作为真正操作的依据。由于这种“授权”权限被学校无限量扩大，导致制定出来的校规往往超过法律必要限制，并且被当成具有“第一效力”的规范作为指引学校行使其违纪处分权的依据。比如，新
《规定》第
五十四条虽然规定了学校可以给予开除学籍处分的七种情况，然而第六款的规定“违反学校规定，严重影响学校教育教学秩序、生活秩序以及公共场所秩序，侵害其他个人、组织合法权益，造成严重后果的”却给了学校极大的权利来将其他虽然新
《规定》中未出现的情形笼括进来，于是，当学校认为“符合第六款的情形”存在，那么它的直接依据就将是通过发挥其自由裁量权制定的校规，而不是法律规章；再比如，新
《规定》第
五十三条规定了学校对学生纪律处分的方式只有警告、严重警告、记过、留校查看、开除学籍五种情况，但是有的高校却能巧立名目制定出别的制裁方式来处罚学生，比如因考试作弊就连带对符合学术要求的学生也不发学位证书。这种非法之法悄悄凌驾在它的上位法上，不禁让我们开始怀疑究竟是国家的法律规章大还是学校的内部规章大？国家的法律规章能在多大程度上管得了学校规章？谁来认定学校规章的规定是否合法？
