停止侵权措施程序总体上是一致的，仅在几个环节中有一些差异，部分差异的存在是适当的（如法院的管辖权），但有的应当避免：
听取对方当事人陈述：原则上无需听取对方当事人陈述。但必要时，法院可要求进行。仅《最高人民法院关于对诉前停止侵犯
专利权行为适用法律问题的若干规定》第9条第2款中对此有所提及：必要时可对双方当事人进行讯问。听取对方当事人陈述如何在商标、著作权纠纷中适用，法律没有明文规定。笔者认为，规定在必要及条件允许时听取双方当事人的答辩是可取的，只要控制好时间等技术问题，言词辩论会利于法院作出正确的判断。
反担保：这里所称的反担保指被申请人为继续实施其有侵权嫌疑的行为而提交的担保。在专利及集成电路设计纠纷的停止侵权措施程序中，反担保的规定模棱两可[16]：何谓“不因提出反担保而解除”？如果允许反担保，那么在担保后，就应当允许有侵权嫌疑的行为继续。若不允许，就应禁止适用反担保。对于商标和著作权纠纷而言，只要该措施的申请人同意，被申请人可以进行反担保[17]。从保障权利平衡的角度看，只要处理好反担保额度的问题，它可以是一种有益的措施。
2、 证据保全程序中的差异
法律未规定法院做出证据保全措施裁定的期限，也未规定措施做出后通知被申请人的期限；未明确裁定是否应像停止侵权裁定一样立即执行；也未明确被申请人是否有权申请复议。目前针对专利和集成电路设计纠纷，只有一个关于诉前停止侵权的司法解释，所以在专利纠纷的证据保全问题上，存在着比商标及著作权纠纷更多的空白。如：商标及著作权纠纷中的证据保全措施执行后，若申请人未在15日内提起相关诉讼，法院应当撤销该裁定。但这一问题未在专利及集成电路相关法条中得到明确；在商标及著作权纠纷的证据保全做出后，法律明确了被申请人的赔偿请求权。但对专利和集成电路设计则没有。专利法方面所存在的这些空白应当尽快解决。就证据保全程序而言，在充分考虑对不同权利类型实施不同的保全方式的基础上，完全可适用一套统一的程序规定，以增强临时措施规定的系统性，避免法律适用中不必要的麻烦。
3、财产保全程序中的差异
由于临时措施中的财产保全程序主要由民事诉讼法第93至96条，和第99条规定，与其它两种措施相比，它的适用程序相对明了和简单。差异主要是：财产保全程序中明确允许适用反担保；现有规定未明确财产保全措施裁定前是否要听取对方当事人陈述；也未明确被申请人在收到裁定后多长时间内可以提出复议。
