针对专利与商标局决定提出的上诉，联邦专利法院可以驳回上诉维持DPMA的决定、撤销DPMA决定并发回DPMA重新处理或者由专利法院自行判决。具体来说，上诉审判庭以命令（Beschluss）形式对上诉案件做出决定[9]，而无效庭则是以判决的形式做出决定[10]。
根据联邦专利局2005年的统计数据，全年共受理案件4366件，其中3606件为上文中提到的上诉和起诉案件，剩余的则是处理卷宗查阅和明确费用的申请。2005年技术审判庭审结或调解案件的结案周期平均为25个月，商标审判庭为21个月[11]。
（三） 联邦最高法院提供的法律救济
如果不服联邦专利法院上诉审判庭做出的命令，则可以在该命令发出后的1个月内向联邦最高法院(Bundesgerichtshof)提出申诉(Beschwerde)[12]。但是该申诉必须满足
专利法第
100条或
商标法第
83条规定的申诉理由，或者获得了联邦专利法院的允许后，才可以被受理。
在涉及重要的法律问题时，专利法院必须允许当事人向联邦最高法院申诉。在案件涉及重要的法律问题、或者当联邦最高法院的审理对形成统一的法院判决或实施权利来说至关重要时，联邦最高法院必须受理申诉案件。此外，如果申诉人能够明确的指出专利法院在审理过程中曾出现过严重的程序错误时（无需批准的案件），联邦最高法院也应当受理。如：审判庭未依法组成、诉讼参与人的合法陈述权（被听取陈述权）被剥夺、命令理由不足等。
联邦最高法院仅对这类案件仅做法律上的审查。审理中，当事人必须聘请律师作为代理人。经过审理后，联邦法院将以“命令(Beschluss)”的形式做出决定。它可以驳回申诉请求，抑或撤销原判决并发回联邦专利法院重审。从2004年的统计数字看，通过联邦专利法院批准的申诉案件为31件，联邦最高法院受理的批准申诉案件为16件，受理的无需批准的申诉案件为8件。
如果不服无效审判庭做出的判决，则可以在判决公布后的一个月内向联邦最高法院提出上诉(Berufung)[13]。与上面的情况不同，该类案件的上诉无需专利法院的批准。联邦最高法院受理上诉后，将对案件的法律与事实问题一起进行审查。如果需要，最高法院还有权进行调查取证。由于联邦最高法院的审判庭中没有技术法官，所以涉及技术问题时，往往需要借助鉴定来协助审判。
