现实中各级人民政府和各行政职能部门根据自己的实际情况设立主管行政复议的工作机构，没有一套统一的行政复议机构体系，而且主持复议的行政机构完全听命于其所属的行政首长,没有自主决定权；而其所属的复议机关又与作出具体行政行为的行政机关有千丝万缕的联系。由于行政复议是行政机关内部上下级之间的监督活动,不少行政机关将复议工作混同于一般的行政公务，复议活动受行政内部各种关系的影响和干扰较为普遍，特别是一些长官意志、“以言代法”、“以权代法”现象，使得复议机构难以充分履行职责，行政复议决定维持的多，而变更、撤销的少，复议变成走过场，流于形式。这样就给复议工作的开展带来了很大的不便，从而严重影响了行政复议裁决的公正性。而实践中复议机构不独立的问题已经导致行政复议的公正性大打折扣，致使行政复议的高效、便民等优点在实践中未能充分显露。因为当事人除非受“复议前置”约束之外，至今选择复议的相对较少，大多都愿意直接选择行政诉讼，而且在复议实践中，复议决定作出于行政机关不利的撤销或改变的决定也寥寥无几，大多以维持了事，这使人们丧失了对行政复议应有的信心，同时使得该种制度设计很多时候流于形式。
另外，即便是在各级行政机关内部设立的行政复议机构，其组织建设上也十分地不健全。目前,我国行政复议立案数量不足、审理难的主要原因就在于复议的组织机构不健全。《
行政复议法》规定，复议机关应当根据工作需要确立本机关的复议机构或专职复议人员。行政复议的程序性、技术性较强，要求复议机构和人员保持固定，承办人员具备较高的行政管理和法律专业知识。否则，就难以保证行政复议工作的规范化和正常化运转。长期以来，除公安等少数部门有比较健全的复议机构和专职人员外，大多数行政机关或者缺乏此类机构，或者不够健全，有名无实。这种状况很大程度上削弱了复议制度的固有功能，也给行政机关和申请人造成诸多不便。
鉴于上述缘由，为了保证复议机构依法行使复议职权，切实发挥行政复议的积极作用，就应当保证复议机关享有相对独立性，同时认真做好复议队伍的组织建设工作。这里的“独立性”是指复议机构地位要相对超脱，能够保证其排除工作过程中的各种外来干扰。另外，设置公正独立的行政复议机构及审判机关审查有关行政行为，是我国“入世”议定书的承诺，也是《关贸总协定》第10条的要求。因此，为了履行承诺，实现行政复议的公正性和合理性，监督行政机关依法行使职权，必须改变目前行政复议机构不独立的现状，重新设计适应中国国情的行政复议机构。
