——监督程序不科学。一是牺牲了效率。设置监督程序，必须兼顾公正和效率原则，设置多层监督程序往往是满足公正性要求。工伤职工医疗救济等权利是最迫切需要保障的权益之一，其公正性要求远远不能与刑事追责程序相比，与一般民事权利救济相比也应更强调效率性。但工伤认定设置行政复议和两审行政诉讼三重监督程序，显然与工伤赔偿对公正性和效率性的要求不协调。二是偏离了行政监督制度目标。行政监督制度目标是纠正违法行政，保护行政管理相对人的合法权益。由于不良企业频频把工伤认定监督程序当成拖延、逃避责任的工具，监督程序变成了工伤职工权益保护的障碍。
——制度运行成本高。简单一个工伤赔偿案件，常常牵涉了工伤认定机关、行政复议机关、审判机关、劳动争议处理机关大量时间、财力和物力。目前，全国大部分地区的劳动保障部门无专门的工伤保险行政管理机构和人员，显然不具备完成工伤认定职责的必要条件。在一些经济发达地区，一个市一年的工伤认定案件超过1万件，但基本没有专门工伤认定机构和人员。随着工伤认定争议的增加，不少地区的行政复议机关和法院行政审判机构也普遍出现人员吃紧现象。为保障工伤认定机关和有关监督机关按期办结案件，政府必须投入大量人力、物力和财力。
——不符合行政权限制原则（主要指未参保的情形）。按照法治精神，以行政权介入处理民事纠纷属于例外。目前我国的商标异议、专利权异议、国土林地草原确权争议等领域允许行政权介入裁决，这除了专业性需要外，更为重要的是行政机关占据信息优势。因为国家在这些领域建立了注册、登记制度，管理机关可通过将提出异议的事项与注册登记的事项对比做出判断。此外，《
环境保护法》规定环境保护部门可根据申请处理环境污染损害赔偿争议，这主要是基于环境污染损害对象的不特定性，带有公益目的，而且介入是选择性不是必经程序。新修订的《
道路交通安全法》规定交通事故责任认定只有证据效力，不再作为一种行政确认行为，也体现了行政权的限制原则。反观工伤认定问题，对未参保的职工，有关是否工伤的争议本质属于是否能获取工伤赔偿的劳动争议，属私权性质争议，没有公益性内容，劳动保障部门也无信息优势，行政权介入不但不符合行政权限制原则，介入的结果也不能产生好的社会效果。
——导致权利义务错位。对已参加工伤保险的，相关权利义务关系应在工伤保险关系主体三方即用人单位、劳动者和社会保险经办机构之间分配。劳动保障部门不是该法律关系主体，强行介入属于政府错位，也导致作为社会保险关系一方的社会保险经办机构的权利义务不完整。对于未参加工伤保险的情形，由于劳动保障部门的介入，使举证责任主体发生混乱。因为，对于是否工伤以及工伤赔偿问题，本来应由用人单位和劳动者双方举证证明并承担相关后果，《
工伤保险条例》也明确了是否工伤应由职工和用人单位双方举证，用人单位不认为是工伤的应承担举证责任；但是劳动保障部门介入认定后，按照行政争议处理原理，劳动保障部门对其作出的决定有举证义务，如何正确界定各方的举证责任变得非常复杂。
