（三）虚开增值税专用发票罪与伪造增值税专用发票罪
伪造增值税专用发票主要是指无权印制增值税专用发票的单位或个人，伪造增值税专用发票式样，利用各种方法，印制假的增值税专用发票。伪造增值税专用发票罪客观上伪造的是空白的增值税专用发票，并不在其上面有虚开行为，这与虚开增值税专用发票是完全不同的。
如果伪造之后实施虚开行为，行为人的前一行为与后一行为存在着手段和目的牵连关系，应视为牵连犯，应以其中的一罪重罪论处，即虚开增值税专用发票罪论处。
（四）虚开增值税专用发票罪和非法出售增值税专用发票罪
虚开增值税专用发票时，往往收取一定的“开票费”、“手续费”。这种虚开行为与出售增值税专用发票行为有相似之处，都存在着非法的交易。二者的根本区别在于非法出售增值税专用发票罪，出售的是空白的增值税专用发票；而虚开增值税专用发票时，行为人“出售”的是虚开好内容的增值税专用发票，其收取的金额一般是按虚开金额的一定比例计算，而非法出售增值税专用发票一般则是按份或本计价。
（五）虚开增值税专用发票罪与非法购买增值税专用发票罪
有偿请别人为自己虚开的行为看起来也是购买增值税专用发票行为，但其实质是虚开行为。这种虚开行为和非法购买增值税专用发票行为的不同之处在于后者购买到的是空白的真实或伪造的增值税专用发票，前者则是已虚开好的真的或假的增值税专用发票。一般来说，前者“购买”费用按虚开金额的一定比例计算；后者购买费用则是按发票份数计算。如果行为人非法购买增值税专用发票是空白的，按非法购买增值税专用发票定罪论处，如果购买的是有金额内容的增值税专用发票，不论其发票真伪与否，都应按虚开增值税专用发票定罪论处。如果行为人购买的增值税专用发票是空白的，发案时已经被行为人自行填开了金额内容的，就是为自己虚开的行为，也不论其发票真伪与否，都应按虚开增值税专用发票罪论处。有连续行为的，即行为人非法购买增值税专用发票以后实施虚开、转手又将其出售的，分别触犯了
刑法208条、
205条，但是并未触犯
刑法207条非法出售增值税专用发票罪，因为前已述及，这里出售的增值税专用发票应是空白的，所以对此应按照牵连犯的原则，还是以虚开增值税专用发票定罪论处。
七、关于虚开增值税专用发票犯罪的侦查与控制
尽管近年来司法机关一直没有减弱对虚开增值税专用发票犯罪的打击力度，已有相当部分犯罪分子被绳之于法及至极刑，但是由于增值税专用发票特有利益的诱惑，始终有不法之徒不惜以身试法，但是其犯罪伎俩有所提高，手法有所翻新，作案手段日益隐蔽，反侦查意识明显增强，给各级公安经侦、税务部门带来了严峻的挑战。2003年成都市公安局经侦处在总结侦办的几起虚开增值税专用发票案体会到的特点 有（1）发票票面金额不大，多次虚开；（2）单位之间互相虚开；（3）采取开票单位或中间人先按虚开发票的票面金额相等量现金交给受票单位，再由受票单位通过银行转帐到开票单位，作为受票单位支付“购货款”的凭证，以掩盖虚开增值税专用发票的犯罪事实。种种方式和手段都是为了逃避刑事处罚和税务检查。2004年由公安部、国家税务总局联合侦破的代号“夏都专案”的特大骗税案中，税务机关在对涉案单位青海省西宁三兰制衣有限公司实施检查，该公司并无不良纳税记录，账面反映的信息也符合逻辑，实地查看，该企业也非一般的“皮包公司”和“三无企业”，他们在注册登记、租赁场地、购买固定资产、购买进项等环节和规模都是根据需要开票的金额推算出来的，没有丝毫的破绽，不光看起来有厂房、有工人、有设备、有产品，还有热火朝天的生产假象。笔者仅结合自身实际，对虚开增值税专用发票犯罪案件的侦查控制途径提出以下几点：
（一）从调查购销双方是否存在专用发票所示的购销关系入手。从增值税专用发票开具单位的经营业务范围、经营内容等进行初步分析，是否与增值税专用发票所开具业务相符，与其经营项目、生产经营规模、经济实力、业务关系等方面进行比对，密切注意购买原材料的记录、产品出厂的登记、销货记载、运输工具等相关情况，发现记载与增值税专用发票上不相符的情况，深挖到底，从而揭露虚开行为。
