2、行为人所在单位正常运作，只是实施了一定的虚开行为，但是该虚开行为尚未达到影响单位正常经营的程度，应该认定为单位犯罪。
3、所在单位的正常经营行为与从事的虚开行为比例相当，此时应考虑行为人及其单位所获得的利益的主要来源是正常的经营行为还是虚开行为，如果是前者，认定为单位犯罪较为恰当：如果是后者，应认定为自然人犯罪，因为我们可以据此合理地推断行为人设立该公司的目的是为了虚开增值税专用发票。
4、所在单位的正常经营行为与从事的虚开行为比例相当，而且，正常经营行为和虚开行为为单位及个人带来的利益也大致相当，对此可以从有利于被告人的原则出发，倾向于认定是单位犯罪。
5、对于公司负责人以单位名义虚开增值税专用发票犯罪行为，关键看其谋取的利益的流向，是否将收益（包括开票费、手续费、抵扣税款等）都如实入公司财务帐中，因为只有将该非法收益计入公司财务帐，该项目才对公司利润产生影响，公司才真正得到了好处，视为单位谋利了，因此，行为人若是将非法利益记入公司财务，用于公司经营业务中，则应认定为单位犯罪，而那种以单位名义实施的虚开增值税专用发票而为个人谋取利益的行为只能认定自然人犯罪。但是必须指出的是这里“为个人谋取利益”仅限于自然人本人及其他自然人个人谋取私利。
六、虚开增值税专用发票罪的罪数问题
（ 一）虚开增值税专用发票罪和偷税罪
肯定地说，二者在行为方式上有些竞合之处。行为人虚开增值税专用发票的最终目的就是为实现偷逃国家税款之目的，从实质上说是偷税。所以现实中利用虚开增值税专用发票进行偷税的案例比较常见。司法界几乎都秉持了牵连犯之说的观点，即二罪之间存在着手段与目的的关系，“虚开”只不过是偷税的手段之一，它们之间呈牵连关系，按照从一重罪处罚的原则，以虚开增值税专用发票罪定罪处罚。刘家琛主编的《经济犯罪罪名释解与法律适用》（中国检察出版社）又认为：“虚开”行为又不完全包容于偷税罪之中，“虚开”有着它自己的一套相对独立而又比较复杂的行为过程，只有当虚开的增值税专用发票用以抵扣税款时，才与偷税罪发生关系。而虚开增值税专用发票罪的成立并不必然以抵扣税款的出现或实现为必然条件，只要虚开增值税专用发票达到法定数额（即便是没有抵扣），就可构成犯罪，“虚开”和“抵扣”是构成该罪的的两个选择性条件，因此，虚开增值税专用发票罪与偷税罪之间的竞合还是很有限的。从这个意义出发，笔者认为，对虚开增值税专用发票罪和偷税罪二者之间，不能完全比照牵连犯的原则而照抄照搬，而因个别情况区分对待：
其一、行为人在为他人虚开的同时，又让他人为自己虚开或者自己虚开，进而非法进行抵扣税款进行偷税，对此类问题完全符合
刑法205条规定之客观要件，应以虚开增值税专用发票罪论处。
其二、对直接让发票领购人为自己虚开增值税专用发票，用做进项抵扣凭证偷逃应纳增值税的，应按偷税罪或虚开增值税专用发票罪择一重罪而处断，即应适用虚开增值税专用发票罪。
其三、对从第三者手中非法购买已经虚开完毕的增值税专用发票，用做进项抵扣凭证偷逃应纳增值税的，虚开行为及结果并非行为人所指使、授意的，购买时与虚开金额无直接关联的。应按
刑法201条偷税罪定罪较为妥当。
其四、对非法购买增值税专用发票或购买伪造的增值税专用发票，自行填开用做进项抵扣的凭证，偷逃应纳增值税的，可直接适用于
刑法208条第二款之规定，按虚开增值税专用发票罪定罪处罚。
其五、当行为人分别基于虚开增值税专用发票的故意和偷税的故意，在不同的时间里分别实施了相互间无任何联系的虚开行为和偷税行为，按照犯罪构成的理论，行为人的行为分别具备虚开增值税专用发票罪和偷税罪两个完整的犯罪构成，对此应实行数罪并罚的原则。
（二）虚开增值税专用发票罪和骗取出口退税罪
从现实案例看二者的客观表现，虚开增值税专用发票罪本身是行为人实施骗取出口退税罪的重要手段之一，骗取出口退税罪的实施又以行为人实施虚开增值税专用发票罪为必要的环节，因此大多司法界理论坚持两罪彼此存有牵连关系，也有学者认为符合加重行为说，因为
刑法205条第二款正是把利用虚开增值税专用发票骗取国家税款做为本罪加重处罚的情节，无论是牵连犯说，还是加重行为说，在法律适用上结果都是一样的，都应以虚开增值税专用发票罪一罪定罪处罚。只有虚开“数额、情节给国家利益造成损失程度”未达到
刑法205条之标准，且犯罪构成倾向于
刑法204条之规定的，应以骗取出口退税罪定罪处罚。
