软件的功能性使其版权法的保护下具有一种先天不足。与传统的文字作品不同，计算机软件是解决特定问题的具体的计算机处理过程，可以直接用来驱动计算机硬件过程，以获得某种结果，实现一定功能的工具。软件的目的在于实际应用，而不是为了满足人们在精神上的享受，这使得软件的功能性远比其作品性更为突出。从这个角度来看，传统版权法的保护范围对于软件所有人来说显得过于狭窄，使得软件所有人在本应享有的专有权中，出现真空地带，换句话说，版权法不保护作品的内在构思，所以软件的逻辑框图和架构思想无法得到版权法的充分有效的保护。
其他的保护方法如
合同法，
反不正当竞争法，商业秘密法，也曾被尝试用来保护计算机软件，并且也都表现出各自优越之处。但如前所述，由于它们自身的特点，同时也会导致其在软件保护上的缺陷，而且这种缺陷有时对于软件而言是相当致命的，所以，在综合权衡利弊后，这些方法难以成为软件保护的主流模式。
比较而言，
专利法保护计算机软件的突出特点在于：
1、
专利法可以保护软件产品最核心的技术构想和逻辑思路。专利保护具有强烈的独占性、垄断性，一旦计算机软件被授予专利权后，其他相同或相似的软件就再也不能取得专利权。这对强调保护计算机软件思想和技术方法的软件开发者来说，是十分重要的。
2、
专利法强调功能性的保护，它可以极大地满足软件权利人排他性的权利要求。从形式方面来说，
专利法保护计算机软件的创造性方法以及计算机软件的源代码。而版权法保护表现形式不同的作品，因此，如果有人非法取得软件源代码，很容易通过形式改编得到新的软件并获得版权法的保护，这对原软件的开发者是很不公平的。
专利法的保护则可以很好地消除这些缺陷。
实际上，
专利法的这些优点，在以前也被人们所认识到。只是在信息产业的起步阶段，软件行业还远远没有达到兴盛的状态，计算机行业链中的软件只是作为一种硬件的附属工具而存在，是一种完成简单任务的简单工具。因此，为此采取的方式和投入的成本，必须根据实际需要进行抉择。考虑到保护的简便，考虑到软件的作品功能，版权法的保护就是客观可行而适宜的。
而到了如今这样一个资讯发达的信息社会，软件的作用和功能早已今非昔比，在社会生活中扮演着关键性的角色，其应用之广泛、意义之重要，已经超出了很多人的预料，硬件反而成了为实现软件功能而需要的一种辅助工具。在这种角色变化、功能发展、利益扩张的过程中，人们保护软件所考虑的因素、保护的力度和角度都必然发生重要的变化。通过
专利法来保护计算机软件，也就成为大势所趋的选择。
（二）专利保护标准变化的原因
专利制度的宗旨是“保护和利用发明，鼓励发明，以推动产业的发展”，实现知识产权所有人的利益，最终实现国家和社会的利益。专利的占地圈土的特点，使得权利人能够在发明完成后最大限度地收获利益，计算机软件的专利制度也不例外，经济利益和国家利益的驱动，才使得软件的保护模式出现了转变。
更进一步而言，在计算机软件专利授予上，由于市场的重大影响和利益的现实驱动，以美国为代表的发达国家改变了专利授予在技术上的要求。相对于较为保守的欧洲做法，USPTO对软件专利审查的“三性”标准正在不断降低，并将重心转移到对申请专利主题的“实用性”的要求上来。
