此后，日本特许厅又于1988年通过了《关于计算机软件有关发明的审查方法》，对软件专利的审查作了一定调整。
1993年，日本通过了新的审查标准，将包括1975年、1982年、1988年三个审查基准在内的原有审查基准统一起来，并进行了修改。其中第3部分第1章是关于计算机软件相关的发明的专利申请。它表明一个纯粹的算法本身并不受
专利法保护，但是当它被一项发明所应用，并且该发明是硬件与软件的结合的时候，那么就可能获得专利保护。而程序语言、程序本身以及程序显示不可能获得专利，权利要求是记载程序的可读媒体或权利要求是“程序”或“软件”的，不受
专利法保护。
2、1996年，美国在调整了1981年公布的审查指南后于该年实施了扩大对商业方法和计算机软件保护的新《审查指南》，受美国这一审查指南的影响以及考虑日本国内的专利申请现状，日本特许厅于1997年2月27日正式公布了修订的《计算机软件相关发明审查指南》，放宽认定计算机应用软件可专利性的条件 ，明确规定：（1）将记录计算机程序或资料结构的记录媒体扩大认定为发明；（2）一项发明并不一定会因为其主题属于排除专利保护的八大类型就必然遭到驳回，而可以通过一项产品权利要求来实现可专利性。
依照该审查指南的精神，与计算机软件相关的专利包括存有计算机程序的计算机可读存储介质均可有望获得专利保护。指南明确表示可以接受申请专利范围被撰写成“一种存有计算机程序的计算机可读存储介质”，甚至也接受申请专利范围被撰写成“一种存有资料的计算机可读存储介质”。
3、随着美国State Street Bank和AT&T等案件的判决，加上互联网信息技术的飞速前进，日本特许厅也相应地不断调整其专利政策，以便对与软件有关的发明给予充分的保护。2000年JPO再次修订《专利审查指南》，其内容基本上是参照美国司法判例的一些观点和做法，把关于计算机软件保护的内容进行了修改和补充，包括：（1）通过计算机完成多种功能的“计算机程序”本身可以被定义为“产品发明”；（2）由软件处理的信息是通过硬件手段来具体实现，则上述软件可以被定义为
专利法中所述的“法定发明”；（3）增加了与商业方法有关的发明创造性判断的实施例。
此后，基于技术的发展，为了应对在互联网信息传播环境下的计算机软件保护要求，日本又于2002年4月修改了《发明
专利法》，并于当年9月生效。根据新修改的法律规定，计算机程序存储在诸如CD-ROM或软盘之类的物理媒介上将不再成为获得专利保护的必要条件。也就是说，法律也将保护未存储在光盘或软盘上的计算机程序。修改以后的法律明确地把软件当成是有形的“物品”，把“计算机程序”纳入了“物的发明”，并明确禁止未经授权而从网上下载受到专利保护的软件，把通过网络传输提供计算机程序的行为也作为专利实施的一种形式，从而为打击网上计算机软件侵权提供了法律依据。此外，该法案还增加了“程序”的定义，其明确规定：本法中的“程序”是指程序（是针对电子计算机的指令，能获得一项结果的组合）等供电子计算机处理使用的信息，相当于程序的物品 。
（三）欧盟
1、欧盟的情况与美、日相比又有所不同。欧洲议会于1991年5月通过了《欧共体计算机程序保护指令》，明确将计算机程序视为“文学作品”，并且明文规定，法律只保护程序的表现形式,程序包含的思想或原则不受保护。在坚持
著作权法保护传统的同时，该指令也并不排斥其他可行的保护方法，第
9条第1款规定：本《指令》的规定与有关专利、商标、不正当竞争、商业秘密和半导体产品的法律规定以及
合同法的规定并不矛盾。这一规定使得对软件的多种保护方法可以并存 。
