而到了20世纪90年代后期，美国对计算机软件专利保护的大门几乎完全敞开。特别是美国1996年3月《与计算机相关的发明的审查指南》（Examination Guidelines for Computer-Related Inventions）的颁布，标志其对计算机软件的可专利性给予了正面的肯定。按其规定，与计算机程序相关的发明专利同其他的发明一样，属于可专利法定主题（subject matter）的，可以是产品（机械或制成品），也可以是方法（过程）发明专利 。而且，美国专利局不再单纯强调软件在工序和应用上的可专利性，而基本上以“实用性”（practical utility）取代“技术性”（useful arts）作为一项软件发明是否具有专利性的判断依据。
与此同时，随着互联网经济和电子商务的发展，美国专利商标局（USPTO）又将知识产权保护的范围拓展到了互联网领域，将专利保护延伸到商业方法软件。1998年，美国联邦巡回上诉法院对State Street Bank & Trust Co. v. Signature Financial Group Inc.案，以及1999年的AT&T Crop. V. Excel Communication Inc.; Amazon v. Barnes & Noble案的判决，均确认了对商业方法软件予以专利保护，对USPTO的审查指南给予了进一步的司法肯定。CAFC的政策进一步确定了：任何计算机软件只要具有实用功能（practical utility is essential），即能够产生具体、实用及有形的结果（concrete, useful and tangible result），且满足新颖性和非显而易见性的标准，就得以“机器”、“结构”或“制造”取得专利。
由于USPTO对计算机软件相关专利的审查尺度的放宽，软件相关专利的申请日益增多，加上网络即电子商务有关的商业方法专利的加入，USPTO收到了大量的软件专利申请。2003年的统计数据表明，美国软件专利授权量接近于30，000件，软件专利占专利授权总量的百分比也接近于15%，是1976年的13.6倍 。
总结起来，这似乎是一条奇怪的路径：当世界各国基于各种各样的考量（包括迫于美国的政治、经济、外交攻势），纷纷修改或制定版权法来保护计算机软件，并形成比较统一的局面时，甚至于在Trips协议已经明确规定之后，美国的司法却在不断的修订国内的立法意图，经过类似于否定之否定的判断，又使美国的软件保护走向了另一条专利模式的道路。
（二）日本
1、总体说来，日本在计算机软件保护上所采取的政策是紧跟美国的发展潮流的。
1975年12月26日，日本特许厅在《计算机程序发明的审查基准》中对软件的专利保护做出了相关规定：一个与计算机程序有关或者说居于自然法则的计算机程序做出发明作为一种方法发明是属于专利保护的对象的。但是，一种单纯的计算机软件不能获得专利，只有当它和硬件结合为一个整体，作为硬件的工具，对数据进行处理，并对硬件实施相应的反馈控制，这样的整体才能获得
专利法的保护 。
在USPTO公布了《与计算机软件有关的专利申请的审查指南》，日本也相应地调整了其专利政策。1982年12月，日本特许厅发表了《关于计算机应用技术应用发明的审查指南》，该指南指出：如果通过软件在微机上的运转实现的信息处理或控制方法，从微机应用技术的整体上看，它由多种功能的集体来实现，而对于每个功能都存在着实现该功能的手段，这一方法发明就具有可专利性。
值得一提的是，日本通产省在1983年就明确提出采用版权法保护软件有5个明显缺点：1、版权客体（尤其是文学艺术作品）与软件性质不同，版权法的宗旨是促进文化发展，而对软件的保护主要在于促进工业或其他产业发展。2、软件的价值主要表现在它的使用上，应保护的主要是使用权，版权客体（文学艺术作品）则在日本版权法中无“使用权”概念，只有“复制权”概念。3、版权法中“改编权”的适用范围很大，一旦扩大适用到保护软件，肯定会妨碍软件的开发，从而妨碍工业发展。4、日本版权法中对作者精神权利保护的原则，很难适用于软件作者（软件专有权一般归有关公司，而不归参加创作的个人）。5在软件保护过程中必要的保护用户制度（如要求软件经销人负责改错等）、仲裁制度等，又不宜用于其他文字作品及文学艺术作品 。
