但软件专利保护模式的障碍也很明显，最主要的反对理由就是：各国的专利制度都规定不得为“抽象思维”、“自然法则”等申请专利，科学发现、智力活动的规则和方法、自然规律、数学算法都不属于
专利法所称的发明创造。而软件与计算方法密切关联，所以不能授予专利。此外，
专利法对发明的一些要求也使软件专利保护模式遭遇阻力，例如
（1）按照新颖性条件，软件必须是首先开发的，具有首创特征，而大多数“兼容性软件”就会排除在授权范围之外；按照创造性要求，软件必须有突出的实质性特点和进步，在现实存在的工匠式软件开发情况下，很多软件是难以达到这一要求的 。
（2）发明专利获取批准需要经过严格的审查，其耗时至少在一年以上。而程序的经济寿命往往只有一两年或两三年，如果严格按照专利审查的步骤走完申请的流程，等到申请的专利获得批准时，程序的寿命也已几乎到期。而且，进行专利审查所需要的检索工作量也是非常巨大的。
（3）
专利法要求专利申请人必须将发明内容充分地公开。这是权利要求人所难以接受的，因为，他人只要了解到程序的思想、架构，就不难开发出具有相同功能的新程序来。换言之，这里的公开，反而使保护失去了意义。
（二）版权保护的模式
1、在综合比较多种保护模式的优缺点后，版权法模式逐渐成为主流的选择。一般来说，赞成利用版权法保护计算机程序者的理由包括：
（1）版权法可给予软件较为宽泛的保护范围 。由于版权法对其保护对象的要求标准不高，只要有形式上的独创性即可。因此，几乎所有的软件，都能纳入版权的保护领域。
（2）版权法只保护作品的表达形式，而不延及作品的创作构思。这从另一方面来说，可以有效避免“知识垄断”，反而可以鼓励其他开发者利用已有的创作思想去创作新的软件，从而有利于软件的创新和优化。
（3）基于版权的“自动取得”的原则，软件创作完成以后，无须申请、审批等手续，就可以获得版权保护，方便快捷，及时有效。
（4）比较容易取得国际保护。版权制度是知识产权领域中最为通行的保护制度，世界上大多数建立版权保护制度的国家都是《伯尔尼公约》和《世界版权公约》的成员国，如果这些国家都利用版权法保护计算机软件，则很容易达到软件的国际性保护的目标，而无需再耗费时间、精力去订立新的专门的软件保护多边条约。
2、从美国这一软件大国初期的路径选择上可以清楚地看出上述因素的影响。20世纪60年代，美国国内开始讨论究竟给计算机软件以什么法律保护的问题，由科学家、学者、计算机产业界代表以及专利商标局局长组成的专家特别委员会提出一份报告——《计算机程序的专利性质》，报告指出：计算机软件不应得到专利保护，理由是计算机程序包含有数学算法，而算法近似于自然法则，因而软件不属于美国专利法规定的法定客体，从而将其纳入版权法的保护范围 。
此后，在美国的干预下，加上事实存在的各种原因包括版权模式与专利模式的各自利弊，自20世纪70年代起，在软件业的起步阶段，各国基本都没有采用专利模式来对软件进行保护，而是选择了更简便易行的版权保护模式。诸如法，德，日等发达国家以及后来的中国、巴西等发展中国家均采用了版权模式来保护计算机软件。
采用版权法来保护计算机软件的模式，在WTO《与贸易有关的知识产权协定》中得到了明确的肯定。TRIPS协定第10条规定：计算机程序无论是源代码或目标代码，应根据《伯尔尼公约》（1971年）作为文学作品予以保护。这也在世界范围内比较统一地确定了以版权形式来保护计算机软件。
三、各国的变化和发展
（一）美国
1、反对的声音
美国1980年修订的版权法第101条对计算机程序定义为：是直接或间接用于计算机，使之产生某种结果的一组语句或指令。在软件行业发展初期，美国反对利用
专利法来保护计算机软件，最著名的例子即是美国联邦最高法院1972年对计算机软件可专利性做出的第一个判例——Gottschalt v. Benson案，在此案件中，联邦最高法院推翻了美国关税与专利上诉法院（CCPA）的决定，作出判决：该申请的权利要求不限于任何特定工艺和技术，或者任何特定装置或机器，或者任何特定目的的利用，其权利要求实际上是算法，而算法与数学公司等同，所以计算机软件不能授予专利 。
